Salvia miltiorrhiza · Red sage
面向丹参参考基因组、功能注释、表达图谱、变异资源、调控预测、蛋白定位、结构域和互作网络的综合数据库平台。
高频序列检索入口，支持 Genome、cDNA、CDS 和 Protein 数据库，并可调整 E-value、identity、query coverage、word size 和低复杂度过滤。
统一展示基本信息、ID 对照、坐标、序列、功能注释、亚细胞定位和下载入口。
支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID 和 Protein ID 互查。
展示已核对的论文 accession、序列比对、当前 LOC/SmilChr ID 和网站预测，并区分论文实验与计算证据。
记录: 27 当前位点: 23当前接入 GFF 基础注释，并预留 GO、KEGG、Pfam、InterPro、eggNOG、NR 字段。
输入丹参基因 ID，按基因汇总 GO/KEGG 注释，并可对基因集生成富集表和图。
状态: 可分析基于 Pfam-A 和 HMMER hmmscan，展示丹参蛋白结构域示意图，以及每个结构域的氨基酸起始和终止位置。
状态: 可查询按 Pfam ID、结构域名称或描述反查丹参基因，快速定位同一家族成员。
状态: 可查询按 Chr 区间提取序列、列出区间内基因，并给出基础 PCR 引物候选。
粘贴 DNA 或 FASTA 序列，快速生成基础 PCR 引物候选，并显示产物长度、Tm 和 GC%。
识别载体常用限制性内切酶位点，选择单酶切或双酶切位点后按目标 Tm 自动生成同源重组引物。
将 CDS、cDNA 或 FASTA 核酸序列翻译成蛋白序列，并计算蛋白长度和理论分子量 kDa。
输入丹参基因 ID 查询最可能互作的 10-20 个基因；也支持输入两段 CDS 或蛋白序列进行互作概率评分。
状态: 可查询基于 LocPro 的丹参蛋白组预测结果；完成后展示每个查询最可能的 5 个定位位置。
状态: 可查询按文献和处理条件查询基因表达量，展示 TPM 均值柱状图和误差棒。
状态: 可查询基于表达量矩阵计算基因间表达相关性，返回最相关的候选共表达基因并缓存结果。
状态: 可查询检索丹参与拟南芥、水稻的候选同源基因，展示 BLASTP 证据和基因邻域，并预留 MCScan 共线性锚定块。
状态: 可查询使用丹参转录因子 motif，对提交序列或基因上游 4000 bp 进行结合位点预测。
状态: 可查询输入转录因子 ID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询全基因组 promoter 预计算结合位点及对应靶基因。
状态: 可查询按基因、样品或基因组区间查询丹参 EMS 材料中的典型 CDS 突变和 LoF 候选位点。
状态: 可查询展示按基因、启动子和窗口聚合的 EMS 稀有突变关联，采用 PC1–PC3 校正与置换检验。
Phenotype1 聚合关联 候选基因浏览丹参参考基因组和 GFF3 基因结构注释，并支持从 Gene Card 直接跳转到对应坐标。
状态: 可浏览下载参考基因组、GFF、cDNA、CDS、Protein 和 ID 对照表。