公开数据范围:Chr01–Chr08。 模块和数据版本清单

Salvia miltiorrhiza · Red Sage Omics

关于 Red Sage Omics

Red Sage Omics 是面向丹参参考基因组、多组学注释和预测结果的综合查询平台,目标是把基因、序列、表达、变异、调控、定位、结构域和互作信息整合到同一个可检索入口。

数据统计

38157基因记录
46325蛋白序列
527519可检索 ID 别名
38157ID 对照记录
115662Pfam 结构域命中
231625亚细胞定位 Top5 记录
14表达研究
139表达样本
573241预计算互作候选
768225EMS 候选突变位点
257转录因子 motif
可用JBrowse

模块组成

Gene Card

整合 ID 对照、坐标、序列、注释、定位、表达、变异和浏览器跳转。

功能注释

面向 GO、KEGG、Pfam、InterPro、eggNOG、NR 等注释字段持续扩展。

表达与共表达

查询表达量图谱,并基于表达矩阵计算基因间相关性。

蛋白功能预测

包含 Pfam 结构域、亚细胞定位和蛋白互作候选。

调控与变异

包含转录因子结合位点预测和 EMS 功能突变检索。

序列和基因组工具

提供 BLAST、区间取序列、引物候选、JBrowse 和数据下载。

引用和维护信息

平台论文或正式引用信息确定后,可在这里更新推荐引用格式。当前对外展示建议使用 Red Sage Omics 和 Salvia miltiorrhiza,不使用拼音作为界面品牌。

维护入口:通过服务器 ssh school-server 管理网站服务和数据更新。

联系人

西北农林科技大学