Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000207`

染色体: Chr05 坐标: 1645530-1648383 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000207`
名称	SmilChr05G000207
描述	uncharacterized SmilChr05G000207
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	1645530 - 1648383 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130984919`
GeneID	`130984919`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130984919`
原始查询	`LOC130984919`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase, putative (Mog1/PsbP/DUF1795-like photosystem II reaction center PsbP family protein) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832798]; symbol=AT5G27390; hit=AT5G27390; species=arabidopsis; confidence=high
产物	tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase, putative (Mog1/PsbP/DUF1795-like photosystem II reaction center PsbP family protein) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832798]; symbol=AT5G27390; hit=AT5G27390; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G27390` (AT5G27390) tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase, putative (Mog1/PsbP/DUF1795-like photosystem II reaction center PsbP family protein) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832798] identity=60.2; qcov=0.996; evalue=5.45e-98; confidence=high
Rice	`Os05g0401300` - identity=71.3; qcov=0.719; evalue=2.63e-92; confidence=high
GO	GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	PF01789 (PsbP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130984919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057763602.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057763602.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057763602.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057763602.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763602.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:1645864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:1647777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B32,B68
`Chr5:1647798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:1648104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B24,B64
`Chr5:1648121`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:1648136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C6
`Chr5:1648209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:1648308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763602.1

242 aa

121

242

PsbP

PF01789 PsbP 84-240 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763602.1`	Pfam	`PF01789`	PsbP	Domain	84	240	1.4e-05	25.9	PsbP

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907619.1
AACCATAACTGTAACTCTGTAATCCACATTCTTCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATGGCTGCCATGCCGAAATTGATGCAATCCATCTCCCCTCCATCAACGACCAATCCACACCCATCCTTCCCCTTGTTGCTTGATGCTGCTTTTCTCATCTCTAGAAGAAGTTTTATCATCGCTTCTTCACTTGTAGCCTTATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCCTAGCTCAACCGCCTTCCAAGTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130984919
ATGGCTGCCATGCCGAAATTGATGCAATCCATCTCCCCTCCATCAACGACCAATCCACACCCATCCTTCCCCTTGTTGCTTGATGCTGCTTTTCTCATCTCTAGAAGAAGTTTTATCATCGCTTCTTCACTTGTAGCCTTATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCCTAGCTCAACCGCCTTCCAAGTCCTTTCTTTCAGGCATTGCCAACACCAAGTCGTGGTTCCAATTCTACGGCGATGGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763602.1
MAAMPKLMQSISPPSTTNPHPSFPLLLDAAFLISRRSFIIASSLVALSSSSSSSAAAAAALAQPPSKSFLSGIANTKSWFQFYGDGFSIRVPPNFQDITEPEDYNAGLSLYGDKAKTKTYAARFATPDGSEVLSVVIRPSNQLKITFLEAQDIADLGSLKEAAKIFVPVGATLYSARIFKIKEEEGYRNYYFYEFGGDEQHIALVAAVNSGKAIIAGATAPERKWDDDGIRLRSAAVSLTIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器