当前解析结果
SmilChr01G002602| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002602 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002602 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF026-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 44219221 - 44220311 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985040 |
|---|---|
| GeneID | 130985040 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985040 |
| 原始查询 | LOC130985040 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF026-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor ERF026-like |
| Arabidopsis | AT5G52020 (AT5G52020)Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835277] identity=54; qcov=0.559; evalue=9.54e-48; confidence=medium |
| Rice | Os04g0572200 (OsERF#023)- identity=48.7; qcov=0.614; evalue=4.23e-40; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985040 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057763784.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763784.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763784.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057763784.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057763784.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:44219451 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,C64,C66 |
Chr1:44219882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C80 |
Chr1:44219882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr1:44220030 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:44220037 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:44220041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:44220090 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr1:44220090 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:44220187 |
T |
TAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B104,B108,B16,C70 |
Chr1:44220187 |
T |
TAA |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B104,B108,B16,C70 |
Chr1:44220230 |
T |
TAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 36 | A19,A22,A7,B102,B105,B106,B108,B120,B133,B16,B29,B41,B47,B64,B67,B75,B81,B83,B84,B95,B96,B97,C1,C12,C22,C24,C25,C30,C38,C45,C46,C59,C6,C63,C9,D10 |
Chr1:44220260 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763784.1PF00847
AP2 152-200 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763784.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 152 | 200 | 2.6e-10 | 41.1 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。