当前解析结果
SmilChr01G002611| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002611 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002611 |
| 描述 | lysophospholipid acyltransferase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 44341189 - 44354835 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985084 |
|---|---|
| GeneID | 130985084 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985084 |
| 原始查询 | LOC130985084 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lysophospholipid acyltransferase 1-like |
| 产物 | lysophospholipid acyltransferase 1-like |
| Arabidopsis | AT1G12640 (LPLAT1)MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837820] identity=77.3; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0676000- identity=72.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0008654 (phospholipid biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016746 (acyltransferase activity); GO:0019432 (triglyceride biosynthetic process); GO:0030258 (lipid modification) |
| KEGG | smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00565 (Ether lipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03062 (MBOAT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985084 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057763842.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057763842.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057763842.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763842.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763842.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:44349178 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B121 |
Chr1:44351238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr1:44351654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr1:44352319 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A10,A13,A2,A20,A25,A4,A9,B106,B111,B112,B133,B27,B28,B3,B33,B34,B41,B42,B44,B47,B48,B52,B57,B6,B71,C10,C14,C18,C2,C36,C41,C45,C51,C56,C59,C70,D1,D5,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763842.1PF03062
MBOAT 106-409 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763842.1 |
Pfam | PF03062 |
MBOAT | Family | 106 | 409 | 7.9e-67 | 226.6 | MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。