Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001331`

染色体: Chr05 坐标: 11601139-11603201 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001331`
名称	SmilChr05G001331
描述	alkane hydroxylase MAH1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	11601139 - 11603201 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986029`
GeneID	`130986029`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986029`
原始查询	`LOC130986029`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alkane hydroxylase MAH1-like
产物	alkane hydroxylase MAH1-like
Arabidopsis	`AT2G23180` (CYP96A1) cytochrome P450, family 96, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816850] identity=46.1; qcov=0.992; evalue=8.4e-160; confidence=high
Rice	`Os03g0140100` (MAH1) - identity=44.1; qcov=0.968; evalue=1.27e-145; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986029

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057765280.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057765280.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765280.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765280.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765280.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:11601399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,C30
`Chr5:11601460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C71
`Chr5:11601517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,C85
`Chr5:11601541`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A11,A19,A24,A3,B115,B53,B55,B89,B93,C16,C76,D3
`Chr5:11601760`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B127,B139,C4,D2
`Chr5:11601760`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B127,B139,C4,D2
`Chr5:11601859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr5:11602109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,D7
`Chr5:11602299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B84,C34
`Chr5:11602410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B127,B139,C4,D2
`Chr5:11602713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,D4
`Chr5:11602732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,C44,C73,C82,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765280.1

499 aa

250

499

p450

PF00067 p450 27-480 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765280.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	27	480	7.2e-46	157.6	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909297.1
AAATTTCCGTATAATTTTTACATTGTATATCTGTGACCTAATAATACACATGTTCTACTTTTATCAGCCTCTGGAATTTTCTAATACCATAAATCTCAGCACATGCTATAATTTTATATAAATGATAAAAAAAAAAAAAAAAATTGGTACATCCGTACATATATATCATGATATTTCCCTTGCCCCAAAATCATTACCAAATGGAACAATTCAATTGGTGCCTAAAATTTGGCACAACTAATTCTGAAATTAAATAATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986029
ATGGCAATTTACGAGTTTGTGTTGATGGTAGCTCCACTGGTTCTTGTGTGGTACTTGGCAATTAGAAGAGGCAAGACGCCGTCGGAGCCGACGACGTGGCCGGTGCTGGGGATGCTGCCGGCTGTTCTCCTTAACCTCCGCCGGATACACGACTACGCCACGGAAGTCTTAACCGAATGCGGCGGCACCTACATGTTTAGGGGGCCGTGGCTGTGCAACATCGACATGCTGGTGACGTGCGACCCCGCCAACATCCACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765280.1
MAIYEFVLMVAPLVLVWYLAIRRGKTPSEPTTWPVLGMLPAVLLNLRRIHDYATEVLTECGGTYMFRGPWLCNIDMLVTCDPANIHHVFSRNFSNYPKGPEFRKIFDILGDGIFGADFELWEIHRKTTLAQLTHADFNAYLQRTVWHKVETGLFPVLDHFCAEGKDLDLQDVFQRLTFDNICKFVVDYDPCSLRPDLPFLPCEKAFSTIAEPLLHRHLVPEWMWRLQKWLNVGDERTLARAALALDDFIYPRVASGSGED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器