Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001359`

染色体: Chr05 坐标: 12095925-12100864 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001359`
名称	SmilChr05G001359
描述	serine/arginine-rich splicing factor SR45-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12095925 - 12100864 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986052`
GeneID	`130986052`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986052`
原始查询	`LOC130986052`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/arginine-rich splicing factor SR45-like
产物	serine/arginine-rich splicing factor SR45-like
Arabidopsis	`AT1G16610` (SR45) arginine/serine-rich 45 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838230] identity=67.6; qcov=0.505; evalue=8.66e-59; confidence=medium
Rice	`Os01g0959000` - identity=59; qcov=0.452; evalue=7.45e-58; confidence=medium
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005654 (nucleoplasm); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0061574 (ASAP complex)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986052

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765306.1`
2	Nuclear speckle	核斑点	1.00000	`XP_057765306.1`
3	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057765306.1`
4	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057765306.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765306.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12096282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:12096929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr5:12098058`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	154	A1,A11,A15,A16,A18,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A6,A7,B1,B100,B101,B102,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B138,B140,B15,B17,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B5,B53,B54,B57,B58,B6,B60,B63,B67,B70,B72,B74,B75,B77,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B88,B89,B90,B91,B92,B94,B95,B98,B99,C12,C16,C2,C20,C21,C22,C26,C3,C30,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C42,C43,C46,C48,C50,C51,C54,C55,C57,C59,C6,C62,C63,C64,C66,C67,C7,C71,C72,C75,C76,C80,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765306.1

416 aa

208

416

RRM_1

PF00076 RRM_1 116-184 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765306.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	116	184	4.6e-15	56.0	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909323.1
TGACACATTTACACTTTCCCTCAAAAGAAGTAGCGAGGAGCTGAATAATAAGTGATGAGAAGCACGATCCCATCCGTTCATTTACATCTTCTTCGACTCCACCTCCACGCTTAGGTTAGGGTTTATCGGGGGATAGGATTTGAATCCGATGGCCAAACCAGCCCGCGGCCGCCCGGCGTCGCCGTCGGGATCAGATTCTCGCTCTTCCTCCCGCTCTCGTTCCCGTTCCCGTTCCATTTCCCGCTCCCGCTCCCGCTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986052
ATGGCCAAACCAGCCCGCGGCCGCCCGGCGTCGCCGTCGGGATCAGATTCTCGCTCTTCCTCCCGCTCTCGTTCCCGTTCCCGTTCCATTTCCCGCTCCCGCTCCCGCTCGCGTTCCTACTCCGGCTCAGCCTCTCGCTCCACTTCCAGGTCGCGCTCCCGCTCTCGCTCTAAATCCTTATCCTCTTCCTCCTCTCCTTCTCGTAGCGGCAGCTCCCCTAGCCCTCCGCCACGGAAAAGTCCTGCTGATGGAGTTAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765306.1
MAKPARGRPASPSGSDSRSSSRSRSRSRSISRSRSRSRSYSGSASRSTSRSRSRSRSKSLSSSSSPSRSGSSPSPPPRKSPADGVKRGRSPPPQTKKSPPPPRKASPAPESLVLHVDQLSRNVNENHLKEIFGNFGEVVNVRLAMDHVVNLPKGFAYVEFRXRADAEKAQLYMDGAQIDGKVVRAKFTLPERKKVASPPKAVATTSRRDASKAEDTTADGGDGGKRPRDVSPRRKQLSPLRRRSPGPRRGSPRREQDSPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器