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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001522

染色体: Chr05 坐标: 13931971-13933479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001522
名称SmilChr05G001522
描述probable inactive receptor kinase At2g26730
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13931971 - 13933479 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986213
GeneID130986213
locus_tag-
NCBI NameLOC130986213
原始查询LOC130986213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase At2g26730
产物probable inactive receptor kinase At2g26730
ArabidopsisAT2G26730 (AT2G26730)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817214]
identity=36.2; qcov=0.859; evalue=1.68e-44; confidence=medium
RiceOs03g0332900
-
identity=30.6; qcov=0.97; evalue=1.09e-40; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765519.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765519.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765519.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765519.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765519.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13932151 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 46 A15,A20,A23,A6,A7,A8,B100,B105,B106,B109,B11,B122,B125,B127,B128,B14,B16,B3,B34,B35,B46,B54,B67,B72,B77,B78,B99,C19,C24,C26,C30,C33,C35,C38,C41,C42,C45,C47,C49,C50,C55,C65,C73,C85,C87,D8
Chr5:13932273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B38,B39,B79,B86
Chr5:13932558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:13932672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B13,B38,B79,B86
Chr5:13932978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B39,B79,B86
Chr5:13933044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:13933198 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B24
Chr5:13933198 T TTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765519.1
370 aa
N
1
185
370
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 135-305 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 145-358 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765519.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 135 305 6.4e-19 69.1 Protein kinase domain
XP_057765519.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 145 358 3.9e-14 53.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909536.1
TAAGAATATTAGTAACAAGAAAAACCCATTCGTTCTTCCAATTAGATTAGACAAGTTTAATACTTGAAACTTAATCAAATTGGTAGTTTGATACTGCTTGCGCGGCAGCTTTGTTCACGTTTTTGTCTCCTACCATAACGCTTCGAGATATATAGTGTTATGCGCCGATACCAAATCCTGCAGAAAATCGGCAAATTAATTAAAAACTTGGCCCACAAAAGATCCAACTGCACAAGGTTGATTATGAGGTTAGCAACACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986213
ATGCGCCGATACCAAATCCTGCAGAAAATCGGCAAATTAATTAAAAACTTGGCCCACAAAAGATCCAACTGCACAAGGTTGATTATGAGGTTAGCAACACAGAAAACTGCAATCCTAGAAGAAGAAGAAGATCATCCCAAGTCGAGTTTAACGACATGGCAAGTGTGGAGTTTGTTCACACTTGGAGTTTTGATGATTCTTTTACTGGCAGGTCTCATACTGAAATGGAGACGAAGAAAAGAAAGCAATTGCAAGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765519.1
MRRYQILQKIGKLIKNLAHKRSNCTRLIMRLATQKTAILEEEEDHPKSSLTTWQVWSLFTLGVLMILLLAGLILKWRRRKESNCKEDESSTKDMEMMMKPSELVFFVEQEEWFKVEELLEGVAELRTQGFCSSLYVVRLNNGAVYAVKRLRRLKVSLDEFGHTMRMVGKLRHPNLLPLVSFNSTPQEKLLVYTFQTNGSLLDLFQSYSEGKRAFPWRLRLRIAEGIARGLKFIHDQEEIISHHGIIKPSNIMLGHDHHPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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