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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001539`

染色体: Chr05 坐标: 14085290-14097933 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001539`
名称	SmilChr05G001539
描述	protein ENHANCED DOWNY MILDEW 2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14085290 - 14097933 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986231`
GeneID	`130986231`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986231`
原始查询	`LOC130986231`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ENHANCED DOWNY MILDEW 2-like
产物	protein ENHANCED DOWNY MILDEW 2-like
Arabidopsis	`AT5G55390` (EDM2) ENHANCED DOWNY MILDEW 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835632] identity=46.6; qcov=0.724; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0337300` (P0683E12.22-2) - identity=45.8; qcov=0.356; evalue=8.08e-118; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12047 (DNMT1-RFD); PF22908 (PHD_NSD); PF23004 (PHDvar_NSD); PF26055 (Mtase_EDM2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986231

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765554.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765554.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765554.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765554.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765554.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14085528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B33,B68,C48
`Chr5:14085837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B117,B140,B46
`Chr5:14085903`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C56,C65
`Chr5:14085963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:14086053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B33,B68,C48
`Chr5:14086092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr5:14086180`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	31	A25,B11,B120,B126,B15,B29,B3,B34,B42,B43,B44,B6,B60,B86,B90,B92,C12,C14,C21,C30,C39,C4,C40,C45,C46,C47,C48,C55,C57,C59,C67
`Chr5:14086803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr5:14087090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B130,B44,C58,C75
`Chr5:14088813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B33,B68,C48
`Chr5:14092364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr5:14092942`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765554.1

1305 aa

652

1305

DNMT1-RFD

PHD_NSD

PHDvar_NSD

Mtase_EDM2

PF12047 DNMT1-RFD 54-134 aa PF22908 PHD_NSD 302-370 aa PF23004 PHDvar_NSD 372-408 aa PF26055 Mtase_EDM2 710-880 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765554.1`	Pfam	`PF12047`	DNMT1-RFD	Domain	54	134	5.4e-07	30.5	Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain
`XP_057765554.1`	Pfam	`PF22908`	PHD_NSD	Domain	302	370	3.4e-18	66.4	Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger
`XP_057765554.1`	Pfam	`PF23004`	PHDvar_NSD	Domain	372	408	1.1e-07	32.4	Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, variant PHD zinc finger
`XP_057765554.1`	Pfam	`PF26055`	Mtase_EDM2	Domain	710	880	3.4e-92	307.3	EDM2 methyltransferase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909571.1
AATTCCATCGGAGTAAAAAAAACTCCCATACGCAATCGCCTTAAACCCAATATCGCATATTCGCAATCGCCTCAGCGCCGCCTCGCATCCCCCTATTCCTACCTTCTTGCATCGCGTCACCGCCGCCTCAGCCAACGATATTGTTTTAGATTCTTTGAGATTTTCATGGATTTACAATTATGATTGAGGTTCTGGGTTGCATTTTTCCTGACTCGTGGATATGCTAGGGTTGTGAACAAGTGTGTTTTGAGTGAAGAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986231
ATGGCATCTTCTGATGATGAAGGCGATATAGTAACGACCAATGTGTCTGATTATGAATTTACCTGTGGTGTTGATGATGAATCAATTTCATTTGCTAAGTTACCTGTGGTGTGGAGTGAAGGCAGCACTCATGATGGAAAGCAACTACAGATATACTTGCGCGGGAAAACAGATAAAGGGCTTCGCACAATCTATGTCCAGGTTACTGCTTGGAAGTTTAATCTCCTAAAGGGGAAGCCTGAGATCTCAGTTTTGTCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765554.1
MASSDDEGDIVTTNVSDYEFTCGVDDESISFAKLPVVWSEGSTHDGKQLQIYLRGKTDKGLRTIYVQVTAWKFNLLKGKPEISVLSAQGNWIKLLKPWKPYHDIIRTVGVTLHVLHFAKWNPQRSQKALWDNLKDTFSMFERRPCVDDLADHVPLITEAIKRDTELEKSKLLSAFLAEKPWERKTFSEDVRPPFIVDNVNDKEDQGECEKKADESEDSESEEGDKADENDDSDSDESDCFDSVCAICDNGGNLYICDGKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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