Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002878`

染色体: Chr05 坐标: 34448003-34464014 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002878`
名称	SmilChr05G002878
描述	uncharacterized SmilChr05G002878
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	34448003 - 34464014 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986951`
GeneID	`130986951`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986951`
原始查询	`LOC130986951`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AP-5 complex subunit zeta-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820747]; symbol=AT3G15160; hit=AT3G15160; species=arabidopsis; confidence=high
产物	AP-5 complex subunit zeta-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820747]; symbol=AT3G15160; hit=AT3G15160; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G15160` (AT3G15160) AP-5 complex subunit zeta-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820747] identity=71.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0626900` - identity=66.7; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0044599 (AP-5 adaptor complex)
KEGG	smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF14764 (SPG48); PF25154 (TPR_AP5Z1_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986951

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766488.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766488.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766488.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766488.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766488.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:34448537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:34452759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:34457341`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr5:34457381`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,C42,D8
`Chr5:34462451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,C43,C76
`Chr5:34462459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B17
`Chr5:34462852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr5:34463203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B23
`Chr5:34463541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B14,B26,B64,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766488.1

563 aa

282

563

SPG48

TPR_AP5Z1_C

PF14764 SPG48 27-151 aa PF25154 TPR_AP5Z1_C 277-518 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766488.1`	Pfam	`PF14764`	SPG48	Repeat	27	151	6.3e-34	117.6	AP-5 complex subunit, vesicle trafficking
`XP_057766488.1`	Pfam	`PF25154`	TPR_AP5Z1_C	Repeat	277	518	1.8e-29	103.4	AP-5 complex subunit zeta-1, C-terminal TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910505.1
TAGATTGAGTTTGATAAAATGTCAGAGATAGTCGAGAAAAGGAACTCGATCCACTGACCACTGACTCAGTTTTAAAAGCGATTGTCAATGAGAAGATGAAAGATTTCAGCAGCGCGCGTCGATAGATGTAATCGAGAAAGCTAAACGGAGTTGCTGCTTCAGAGGAAAAATGGGAGATAAAGATAAAGAATGGGAATATCATCTCCGATCTCTGTCTTCCGCCGCCAGAGATTCAGCTGACCCCGCGGCCGATCCTTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986951
ATGGGAGATAAAGATAAAGAATGGGAATATCATCTCCGATCTCTGTCTTCCGCCGCCAGAGATTCAGCTGACCCCGCGGCCGATCCTTCCCTTCTTATTTCGGTCAAGAAGCTATATGAATTCTGCAAAAGCGAGAAATCAGACGAGCTGGTAGCTAGGGTTTATCCACTACTCAACAAAATATTTCAGCGTTGTGTTGCTTCAATTTCGCATACTCAAGCCTCCAGCGGCCTCCTTTTACTGGCAATTCTACAATTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766488.1
MGDKDKEWEYHLRSLSSAARDSADPAADPSLLISVKKLYEFCKSEKSDELVARVYPLLNKIFQRCVASISHTQASSGLLLLAILQFFLDFGDIVLLDAEPSLRTFFRSCLSREFADPVVAQASLAFLSSNKTKLLKAFPTLFPQFFPLMLKLIAWNGEKLKNSFLSIFSGFISPGSFIPLFPSLVDLPILVVALEKVERSSGSLVGSSIASIQKSAAPEMLLALMDEAYTGSMIGDGGADSESEDSAPMAAADPIFLDLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器