同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001757

染色体: Chr06 坐标: 20546376-20553478 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr06G001757
名称SmilChr06G001757
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHH3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20546376 - 20553478 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987425
GeneID130987425
locus_tag-
NCBI 名称LOC130987425
原始查询LOC130987425

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHH3
产物histone-lysine N-methyltransferase ASHH3
拟南芥AT2G44150 (ASHH3)
histone-lysine N-methyltransferase ASHH3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819021]
identity=65.05; qcov=0.992; evalue=2.9e-156; confidence=high
水稻Os09g0307800 (SDG724)
-
identity=53.78; qcov=0.951; evalue=4.35e-124; confidence=high
GOGO:0000785 (chromatin); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046975 (histone H3K36 methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00856 (SET)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987425

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057766940.1
2 细胞质 1.00000 XP_057766943.1
3 染色体 0.20000 XP_057766940.1
4 核质 0.20000 XP_057766940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20546808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:20550677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:20550792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr6:20550851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766940.1
377 aa
N
1
188
377
SET
C
PF00856 SET 126-232 aa
XP_057766942.1
369 aa
N
1
184
369
SET
C
PF00856 SET 126-232 aa
XP_057766943.1
318 aa
N
1
159
318
SET
C
PF00856 SET 67-173 aa
XP_057766944.1
310 aa
N
1
155
310
SET
C
PF00856 SET 67-173 aa
XP_057766945.1
302 aa
N
1
151
302
SET
C
PF00856 SET 126-232 aa
XP_057766946.1
299 aa
N
1
150
299
SET
C
PF00856 SET 126-232 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057766940.1 Pfam PF00856 SET Family 126 232 4.1e-26 92.2 SET domain
XP_057766942.1 Pfam PF00856 SET Family 126 232 3.9e-26 92.3 SET domain
XP_057766943.1 Pfam PF00856 SET Family 67 173 3.2e-26 92.6 SET domain
XP_057766944.1 Pfam PF00856 SET Family 67 173 3e-26 92.6 SET domain
XP_057766945.1 Pfam PF00856 SET Family 126 232 2.7e-26 92.8 SET domain
XP_057766946.1 Pfam PF00856 SET Family 126 232 2.6e-26 92.8 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089728.1
ATACAAGGGACAATAGTGCCTTTTCATCTCTCAATTTTGGAAACCCTAGCCGCCGCACTGCACACGCAGGCCAAATCTTGTGGTTTCTTCGTCGTCGAAGACAACTGTCGGCGGCCGCTCTCTGCCGTTGCCGAGAGATTCGGAGAATTCCAGCGGCGTATTCTTCAATTTTGAAGTGTGCGAGAATCATAAGTGTTTTGCTTTACTTGATGATAGAAATAGCTCTCTGTTACTATTAGTTCCAATCGAAGCCCATGCCT...
XM_057910957.1
ATACAAGGGACAATAGTGCCTTTTCATCTCTCAATTTTGGAAACCCTAGCCGCCGCACTGCACACGCAGGCCAAATCTTGTGGTTTCTTCGTCGTCGAAGACAACTGTCGGCGGCCGCTCTCTGCCGTTGCCGAGAGATTCGGAGAATTCCAGCGGCGTATTCTTCAATTTTGAAGTGTGCGAGAATCATAAGTGTTTTGCTTTACTTGATGATAGAAATAGCTCTCTGTTACTATTAGTTCCAATCGAAGCCCATGCCT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057766940.1_32615
ATGCCTGCAATGAAGAAGAACGCTGTGTGCGTCGGGATTGGGCAGTTATTCAATAAATTGGTGAAGGAGATCGGAAGCCCAGTTGATTTTGAACTTCCCGAGTCTTTCAATAAATGGAAACCGACATCTTCTTACTCATATATCAGACGCAATGTATATCTTACTAAGAAGATAAAAAGGCGGCTTGAGGATGATGGCATCTTTTGTTCCTGCAGTTCATCAATCGGGACTTCTGGTGCTTGCGGTAAAGATTGCCTCTG...
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057766942.1_32616
ATGCCTGCAATGAAGAAGAACGCTGTGTGCGTCGGGATTGGGCAGTTATTCAATAAATTGGTGAAGGAGATCGGAAGCCCAGTTGATTTTGAACTTCCCGAGTCTTTCAATAAATGGAAACCGACATCTTCTTACTCATATATCAGACGCAATGTATATCTTACTAAGAAGATAAAAAGGCGGCTTGAGGATGATGGCATCTTTTGTTCCTGCAGTTCATCAATCGGGACTTCTGGTGCTTGCGGTAAAGATTGCCTCTG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057766940.1
MPAMKKNAVCVGIGQLFNKLVKEIGSPVDFELPESFNKWKPTSSYSYIRRNVYLTKKIKRRLEDDGIFCSCSSSIGTSGACGKDCLCGMLMSSCSSGCKCGNSCLNKPFQQRPMKKMKTVQTEKCGMGVVAEEDINQGDFVIEYVGEVIDDKTCEERLWKMKHRGETNFYLCEINRDMVIDATYKGNKSRYINHSCCPNTEMQKWMIDGETRIGIFATCDIKKGEHLTYDYQFVQFGADQDCHCGATGCRKKLGVKPTKP...
XP_057766942.1
MPAMKKNAVCVGIGQLFNKLVKEIGSPVDFELPESFNKWKPTSSYSYIRRNVYLTKKIKRRLEDDGIFCSCSSSIGTSGACGKDCLCGMLMSSCSSGCKCGNSCLNKPFQQRPMKKMKTVQTEKCGMGVVAEEDINQGDFVIEYVGEVIDDKTCEERLWKMKHRGETNFYLCEINRDMVIDATYKGNKSRYINHSCCPNTEMQKWMIDGETRIGIFATCDIKKGEHLTYDYQFVQFGADQDCHCGATGCRKKLGVKPTKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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