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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001766

染色体: Chr06 坐标: 20639222-20640715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001766
名称SmilChr06G001766
描述probable adenylate kinase 7, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20639222 - 20640715 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987431
GeneID130987431
locus_tag-
NCBI NameLOC130987431
原始查询LOC130987431

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable adenylate kinase 7, mitochondrial
产物probable adenylate kinase 7%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G01820 (AT3G01820)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821071]
identity=52.7; qcov=1.02; evalue=3.83e-81; confidence=high
RiceOs08g0118900
-
identity=53.1; qcov=0.841; evalue=1.48e-74; confidence=high
GOGO:0004017 (AMP kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006139 (nucleobase-containing compound metabolic process)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00730 (Thiamine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00406 (ADK); PF13207 (AAA_17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987431

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766954.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057766954.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057766954.1
4 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057766954.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766954.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20639618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766954.1
271 aa
N
1
136
271
ADK
AAA_17
C
PF00406 ADK 68-234 aa PF13207 AAA_17 80-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766954.1 Pfam PF00406 ADK Domain 68 234 4.2e-23 82.8 Adenylate kinase
XP_057766954.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 80 182 2.5e-10 41.5 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910971.1
TTTGATGGATTTTGAGTATTTGGGGTTGAGTGGCATAAAAGTAATATTGGAAGAAAGCAGTGTCAAATGTATAACGGCAGCGCTCTAAAACCCCAAATCGTGGTCTCCACAAACCCTCTTTAGCTTCCTCCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCCGTTTACCATTTCCTCATTCCGCTCTGCGCCGCCATGTCAGTGCTCACGCGCCGCCTTGGTGCACTGGCTGCGCGCCTCTCCTCTCCCTTGCGCCGAGGCTACGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987431
ATGTCAGTGCTCACGCGCCGCCTTGGTGCACTGGCTGCGCGCCTCTCCTCTCCCTTGCGCCGAGGCTACGGATCAGCTGCCGCTCAGCTCGATTACGATTATTACTATTCTTACGATGCTGAGGAGGAGCCGGAGGCGCACCGCCGAGGAATGGAGGAATCGGACGGCTGGGAGACTCCGGGGAGAGGTGTGCAATGGGTGATCATGGGCGATCCTTTGGTCCGTCGACATGTCTACGCCCACCGCCTCTCCAAGCTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766954.1
MSVLTRRLGALAARLSSPLRRGYGSAAAQLDYDYYYSYDAEEEPEAHRRGMEESDGWETPGRGVQWVIMGDPLVRRHVYAHRLSKLLEVPHISMGSLVRQELNPTSPLYKKIADAVNQGKLVPEDVIFGLLSKRLEEGYCRGETGFILDGIPRTAIQAEILDEIADIDLVLNLKCKDGIVVKKTNLESGIYSPCQELNPMASLSAKSDAMLKEKLGSMYTEQMKGLEEYYKQQKKLVNFQVAGAPGDTWEGLLAALQLQH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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