Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000375`

染色体: Chr06 坐标: 2894510-2905027 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000375`
名称	SmilChr06G000375
描述	probable serine/threonine protein kinase IREH1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	2894510 - 2905027 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987923`
GeneID	`130987923`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987923`
原始查询	`LOC130987923`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine protein kinase IREH1
产物	probable serine/threonine protein kinase IREH1
Arabidopsis	`AT3G17850` (AT3G17850) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821054] identity=67.3; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0711800` - identity=64.4; qcov=0.922; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF26031 (IREH1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057767614.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057767614.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057767614.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767614.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767614.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:2894812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:2895211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr6:2898760`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C85
`Chr6:2898942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B14
`Chr6:2898952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C87
`Chr6:2899195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr6:2899330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr6:2901340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B22,B41,B44,B59
`Chr6:2902113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C47
`Chr6:2902122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr6:2903501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr6:2904389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767614.1

1287 aa

644

1287

IREH1

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF26031 IREH1 299-417 aa PF00069 Pkinase 874-1163 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 875-1021 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767614.1`	Pfam	`PF26031`	IREH1	Domain	299	417	9.5e-57	191.2	IREH1-like domain
`XP_057767614.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	874	1163	1.5e-65	222.0	Protein kinase domain
`XP_057767614.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	875	1021	3.3e-32	112.5	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911631.1
TGCCTAAATGAAAAATCAGGTTTTTACATTTTGAGAGATTGAAGCTCAAATCTGTCTGTGAAAAGCAGGGTGTGGAGCAAAAGGGGGGGTTGAGTTCATCAATCTCCATTTCCTTCCATGCTTTCTACTCTCCATTCTCTCTCTTCCCCGTTCTACTGTCCAATTCATCGCCCCTAAATCCATCTCCCTCCGGAAATCACGCTAATTTGCTAAAATGGTGTTCAAGGGCAGATTTTTTTCTTCCAAAAAATCCGATACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987923
ATGGTGTTCAAGGGCAGATTTTTTTCTTCCAAAAAATCCGATACTTCAAGCCCAGATGGATCATCCAACAGCCCGCGATCTTTCGGCTCCAACTCCAATTCGCCGATCCGATCCGATAAGAAGAAGACCAAATCTCCATCGCCCTCCCTCTCCAAGGACAGCTCTCCGGCGCCCTCCGCCGCCACCACGCCCAAAAGCCTTCTGAAGAAGAAGGACTCTTTGAAGGGCAAAGAGTCGCCCAATTCAAGCAAGGCCGCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767614.1
MVFKGRFFSSKKSDTSSPDGSSNSPRSFGSNSNSPIRSDKKKTKSPSPSLSKDSSPAPSAATTPKSLLKKKDSLKGKESPNSSKAASSSSSQLKKSELAGPPPPASGPTSLSVSPIVASSLGLNKIKTRSGPLPQESFFNFGSREKGVSLGASNLSRPLVGGGNDGVSGGRKKKEKSFLENVDNGSNSDTMSTESGASRDQSPHVLQVQERSRLQNAESSSGATGQFGSSWDDSGALRNSDACTPEMKTYDCENPKESES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器