当前解析结果
SmilChr01G002914| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002914 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002914 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 47865928 - 47868132 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988143 |
|---|---|
| GeneID | 130988143 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988143 |
| 原始查询 | LOC130988143 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase 5-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase 5-like |
| Arabidopsis | AT1G53920 (GLIP5)GDSL-motif lipase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841830] identity=44.5; qcov=0.91; evalue=5.42e-110; confidence=medium |
| Rice | Os09g0132200 (OsGELP97)- identity=37; qcov=0.853; evalue=3.49e-71; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988143 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057767902.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057767902.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767902.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767902.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767902.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:47866069 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A21,A8,B100,B123,B130,B139,B14,B140,B17,B23,B3,B32,B40,B42,B53,B56,B57,B70,B79,B85,B96,C22,C53,C70,C83,C85,C86,C87,D1,D10,D11 |
Chr1:47866087 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B47,B63,D1,D3 |
Chr1:47866092 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B80,C5 |
Chr1:47866169 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,B87 |
Chr1:47866307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B15,C26,C77 |
Chr1:47867027 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:47867960 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A14,A2,A3,B104,B129,B13,B135,B16,B2,B24,B33,B34,B4,B40,B48,B51,B58,B61,B66,B94,B97,B99,C15,C23,C24,C29,C3,C39,C50,C76,C81,C9,D2 |
Chr1:47867994 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A2,A3,B13,B135,B2,B33,B34,B48,B66,C23,C29,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767902.1PF00657
Lipase_GDSL 45-359 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767902.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 45 | 359 | 1.1e-30 | 108.0 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。