当前解析结果
SmilChr01G002931| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002931 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002931 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G002931 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 48090316 - 48093478 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988265 |
|---|---|
| GeneID | 130988265 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988265 |
| 原始查询 | LOC130988265 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0703800; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os06g0703800; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G58110 (AT5G58110)chaperone binding / ATPase activator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835923] identity=63.9; qcov=0.955; evalue=5.31e-84; confidence=high |
| Rice | Os06g0703800- identity=64.7; qcov=0.92; evalue=2.68e-85; confidence=high |
| GO | GO:0001671 (ATPase activator activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0032781 (positive regulation of ATP-dependent activity); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09229 (Aha1_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988265 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057768054.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768054.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057768054.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057768054.1 |
| 5 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057768054.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:48090577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B123 |
Chr1:48090577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr1:48090664 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
Chr1:48090863 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B68 |
Chr1:48090863 |
GAA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr1:48091736 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B3 |
Chr1:48093013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B3,B62 |
Chr1:48093079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:48093088 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B11 |
Chr1:48093088 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768054.1PF09229
Aha1_N 64-199 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768054.1 |
Pfam | PF09229 |
Aha1_N | Domain | 64 | 199 | 1.7e-27 | 97.0 | Activator of Hsp90 ATPase, N-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。