同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000728

染色体: Chr06 坐标: 6696974-6698475 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr06G000728
名称SmilChr06G000728
描述uncharacterized SmilChr06G000728
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6696974 - 6698475 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988278
GeneID130988278
locus_tag-
NCBI 名称LOC130988278
原始查询LOC130988278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low
拟南芥AT5G03450 (AT5G03450)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831835]
identity=30.53; qcov=0.39; evalue=1.5e-06; confidence=low
水稻Os10g0545600
-
identity=25.96; qcov=0.419; evalue=1.53e-07; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988278

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057768066.1
2 染色体 0.80000 XP_057768066.1
3 端粒 0.60000 XP_057768066.1
4 PML 核体 0.20000 XP_057768066.1
5 核质 0.20000 XP_057768066.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6697026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:6697076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C65
Chr6:6697090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C65
Chr6:6697564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768066.1
236 aa
N
1
118
236
zf-RING_2
zf-C3HC4
C
PF13639 zf-RING_2 110-156 aa PF00097 zf-C3HC4 111-155 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057768066.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 110 156 2.8e-08 34.6 Ring finger domain
XP_057768066.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 111 155 6.9e-06 26.5 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912083.1
CTCAAATCAAATTAGGGTTTCTGTAAGATAAACAAAGATGTCTGTCCTTCGACCTTTAAGACGCCGGGTGGAAACCGTCATCACGAACGAGCAAAGGACTTCGCTTAACAACGGGAGAAGTATTTTCGCGTTGATTGATGAATACGAGGATGACGATGTCCGTCTGCAGCCAGCGCCTATGGAGACGCAGCAACTCCAAAACACTCAAGCACACCAAGTTGTGGAAGTCCAAGACTCCAGCGAGGGGGAGGGTTACGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057768066.1_31416
ATGTCTGTCCTTCGACCTTTAAGACGCCGGGTGGAAACCGTCATCACGAACGAGCAAAGGACTTCGCTTAACAACGGGAGAAGTATTTTCGCGTTGATTGATGAATACGAGGATGACGATGTCCGTCTGCAGCCAGCGCCTATGGAGACGCAGCAACTCCAAAACACTCAAGCACACCAAGTTGTGGAAGTCCAAGACTCCAGCGAGGGGGAGGGTTACGGAGACCCTCCTCCTCGTCCTTTCACTTGCAAGGTATGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768066.1
MSVLRPLRRRVETVITNEQRTSLNNGRSIFALIDEYEDDDVRLQPAPMETQQLQNTQAHQVVEVQDSSEGEGYGDPPPRPFTCKVCARQHKRAKTEGEGSSQPAKETQLKCGICFAATTDGGKNHPHALSCGHIFGKNCIDTWINAQMPSTCPICKQVLEDSLLIHLFVSSSRDDMLEEALEKADEITTLKAQNRAEKEKHHAEKTTLIGLNTMLYNCMKNYVDALSMGCGLLPKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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