当前解析结果
SmilChr06G000728| 统一基因 ID | SmilChr06G000728 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000728 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000728 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 6696974 - 6698475 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988278 |
|---|---|
| GeneID | 130988278 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130988278 |
| 原始查询 | LOC130988278 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low |
| 拟南芥 | AT5G03450 (AT5G03450)Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831835] identity=30.53; qcov=0.39; evalue=1.5e-06; confidence=low |
| 水稻 | Os10g0545600- identity=25.96; qcov=0.419; evalue=1.53e-07; confidence=low |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988278 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768066.1 |
| 2 | 染色体 | 0.80000 | XP_057768066.1 |
| 3 | 端粒 | 0.60000 | XP_057768066.1 |
| 4 | PML 核体 | 0.20000 | XP_057768066.1 |
| 5 | 核质 | 0.20000 | XP_057768066.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:6697026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr6:6697076 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C65 |
Chr6:6697090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C65 |
Chr6:6697564 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768066.1PF13639
zf-RING_2 110-156 aa
PF00097
zf-C3HC4 111-155 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768066.1 |
Pfam | PF13639 |
zf-RING_2 | Domain | 110 | 156 | 2.8e-08 | 34.6 | Ring finger domain |
XP_057768066.1 |
Pfam | PF00097 |
zf-C3HC4 | Domain | 111 | 155 | 6.9e-06 | 26.5 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。