Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000939`

染色体: Chr06 坐标: 8989885-8991941 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000939`
名称	SmilChr06G000939
描述	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8989885 - 8991941 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988472`
GeneID	`130988472`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988472`
原始查询	`LOC130988472`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7-like
产物	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7-like
Arabidopsis	`AT4G26200` (ACS7) 1-amino-cyclopropane-1-carboxylate synthase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828726] identity=74; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0196600` (ACC3*) - identity=65.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006520 (amino acid metabolic process); GO:0008483 (transaminase activity); GO:0009058 (biosynthetic process); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGG	smil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00155 (Aminotran_1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988472

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057768316.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057768316.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768316.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768316.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768316.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8990359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr6:8991048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,C17
`Chr6:8991109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,D10
`Chr6:8991208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B66,C19
`Chr6:8991230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B140,B9,C38
`Chr6:8991278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr6:8991283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr6:8991300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr6:8991302`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr6:8991397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B35
`Chr6:8991421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,B69,D10
`Chr6:8991469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B15,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768316.1

434 aa

217

434

Aminotran_1_2

PF00155 Aminotran_1_2 50-425 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768316.1`	Pfam	`PF00155`	Aminotran_1_2	Domain	50	425	1.6e-100	337.5	Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912333.1
AATTGTTTATGCGAGCCCCATTCAACCACCATATTTGCAGTGGGATCTCGTGGAGATTATGATATAGGAAGCAGCCTCGGAAAAGATTACAGAACCCAAACAGTTGTCGCCAGTCAATTAAATTTTATATATGAGAGCATTGATCTTGCTTACTCCATAAAATCAATCATTGGTTCTTTTTTATCTTTTCTTTTAATTCAATTTTGTCAGAATTGAATATTATCACCCCCTTTTCTGCCTTTGTACTAGCTATATAAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988472
ATGGCGATTGAGATTGAGCAGCAGCCCTCCGTCCGCCTCTCAAAAGTGGCAGTTTCGAAAACTCACGGCGAAGATTCGCCGTATTTCGCCGGCTGGAAGGCCTACGATGAAAACCCTTACCATGAGTCATGCAACCCCTCCGGCGTCATTCAAATGGGCTTAGCAGAAAATCAGGTTTCGTTTGATTTGCTAGAAGATTATCTGGAGCAGCATTCAGATAATAATAGCACTTCTCGGTTTAGAGAGAATGCACTGTTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768316.1
MAIEIEQQPSVRLSKVAVSKTHGEDSPYFAGWKAYDENPYHESCNPSGVIQMGLAENQVSFDLLEDYLEQHSDNNSTSRFRENALFQDYHGLLSFRKAMASFMEQIRGGRAKFNPERVVITAGATAANELLTFIIADPGDALLVPTPYYPGFDRDLRWRTGVKIVPVHCDSSNNFEITAAALDAAYEEAEANNIRVRGLLITNPSNPLGATIKRGALEQILDFAARRNIHLVSDEIYSGSAFSPDEFVSVAEILESRNYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器