Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001092`

染色体: Chr06 坐标: 10932890-10934768 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001092`
名称	SmilChr06G001092
描述	elongation of fatty acids protein 3-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	10932890 - 10934768 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988613`
GeneID	`130988613`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988613`
原始查询	`LOC130988613`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elongation of fatty acids protein 3-like
产物	elongation of fatty acids protein 3-like
Arabidopsis	`AT4G36830` (HOS3-1) GNS1/SUR4 membrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829836] identity=69.8; qcov=0.908; evalue=1.34e-133; confidence=high
Rice	`Os12g0635700` - identity=53.2; qcov=0.993; evalue=3.42e-79; confidence=high
GO	GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0009922 (fatty acid elongase activity); GO:0019367 (fatty acid elongation, saturated fatty acid); GO:0030148 (sphingolipid biosynthetic process); GO:0034625 (fatty acid elongation, monounsaturated fatty acid); GO:0034626 (fatty acid elongation, polyunsaturated fatty acid); GO:0042761 (very long-chain fatty acid biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF01151 (ELO)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057768484.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057768484.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057768484.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768484.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768484.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:10933192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr6:10933317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr6:10933324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C10,C13,C16
`Chr6:10933384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B64,C43,C6
`Chr6:10933456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr6:10933517`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A13
`Chr6:10933517`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A13
`Chr6:10933738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr6:10933790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:10933847`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B52,B70,B71,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768484.1

295 aa

148

295

ELO

PF01151 ELO 28-276 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768484.1`	Pfam	`PF01151`	ELO	Family	28	276	2.1e-39	136.2	GNS1/SUR4 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912501.1
CCGAAAAAGAGAATTCCAATTTTCAATATCAATTTTCGCGGAGGCGAAAACCAATTCAGGGGTCCCCTAGTTTCTCGCCGGCCGACGACGAGAACCACCGTTCCGGCGTCGCACAGGATGGCGCCCGCTAACAGCCTGACTTATTACCTATCGGAGCACCCCTCCATCGTTGGGTTCCGGTGGAGCCACGCCCAAACGCTGGGCTCCACGTGGTCGTTCCTTTTCTCCTCCATCGCCATCTACCTGGCCGCCGCCGTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988613
ATGGCGCCCGCTAACAGCCTGACTTATTACCTATCGGAGCACCCCTCCATCGTTGGGTTCCGGTGGAGCCACGCCCAAACGCTGGGCTCCACGTGGTCGTTCCTTTTCTCCTCCATCGCCATCTACCTGGCCGCCGCCGTCGTCCTCCACGCCGCCGCCCTGCTCCTCTCCCGCCACCGGCGCCCCGTCCCCCTGGGGCCCCTCCCCGCCGTCCACTCGCTCTCGATGGCGCTCCTGTCGGCCACCATCTTCGCCGGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768484.1
MAPANSLTYYLSEHPSIVGFRWSHAQTLGSTWSFLFSSIAIYLAAAVVLHAAALLLSRHRRPVPLGPLPAVHSLSMALLSATIFAGILLSAAAEIRDTRWLWRRSRSRTTPLEWLLCFPLGTRPSGRVFFWSYIYYLSRFLHALRTFITIFRYRRLSFFKLFNHSILIFMSFLWLEFSQSFQVVAILLTTLVYSVVYGYRFWTAIGLPAACFPFVVSCQLALLSCNLVCHVGVLLLHYIKGGCNGIGAWLLNSVLNGAIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器