同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001108

染色体: Chr06 坐标: 11194463-11201518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001108
名称SmilChr06G001108
描述protein trichome birefringence-like 19
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向11194463 - 11201518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988628
GeneID130988628
locus_tag-
NCBI NameLOC130988628
原始查询LOC130988628

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein trichome birefringence-like 19
产物protein trichome birefringence-like 19
ArabidopsisAT5G15900 (TBL19)
TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831447]
identity=53.98; qcov=0.86; evalue=8.1e-169; confidence=high
RiceOs01g0652800 (OsTBL57)
-
identity=51.14; qcov=0.818; evalue=5.01e-143; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988628

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057768498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:11194955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:11195053 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr6:11195053 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr6:11195061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C5
Chr6:11195100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B83,C30,C59
Chr6:11195142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr6:11200890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B139,B32,C4,C48
Chr6:11201067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:11201068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C39
Chr6:11201201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr6:11201328 G GTT 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 3 B2,B96,C23
Chr6:11201328 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 3 B2,B96,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768498.1
473 aa
N
1
236
473
PMR5N
PC-Esterase
C
PF14416 PMR5N 119-172 aa PF13839 PC-Esterase 173-455 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768498.1 Pfam PF14416 PMR5N Domain 119 172 1.2e-21 77.5 PMR5 N terminal Domain
XP_057768498.1 Pfam PF13839 PC-Esterase Family 173 455 2.3e-91 307.4 GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912515.1
CAATCGCATGCCCTACTAATTATATCACAAAATACAATCCGAAGCTCTAATTAATTATAAGCCGAAAAATTAGAAAAAATTATACAAAATTCCTGCTAATGAAAACTCGTCTACAGCGACCTCCCGATACTATTTTAATTATTTTCCAAAACACAACCAAACCACGCTCTCTCTCTCTCTCTCATATATACAAACAAAGCCCGGCCATCTTTCTTGCTCAAGGCATTTCCCAACTACTCATTCGCTCCAAAAGCATGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988628
ATGAAAACTCGTCTACAGCGACCTCCCGATACTATTTTAATTATTTTCCAAAACACAACCAAACCACGCTCTCTCTCTCTCTCTCATATATACAAACAAAGCCCGGCCATCTTTCTTGCTCAAGGCATTTCCCAACTACTCATTCGCTCCAAAAGCATGGAGCTTCACCCCTTCCGAAAAGCCCGTAATCTGAAAAGAAGAACAAAAATCATTTGGATACTAACAGCGGCAGCGATAATAGTCGTGATAGCAATCCGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768498.1
MKTRLQRPPDTILIIFQNTTKPRSLSLSHIYKQSPAIFLAQGISQLLIRSKSMELHPFRKARNLKRRTKIIWILTAAAIIVVIAIRVNNAGPPRYSSPPSTPPNNNPPAQDIKIIDSREKCDIFSGEWIRNPEAPYYTNKTCWAIHEHQNCMKYGRPDSEFMKWRWKPDGCDLPLFNPFQFLDIVRGKSLAFVGDSVGRNQMQSMICLLSRVEYPIDVSPTADEHFKHWRYVNYNFTMSYFWSPFLVRSTERDAGGPTNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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