Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001189`

染色体: Chr06 坐标: 12112599-12116033 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001189`
名称	SmilChr06G001189
描述	4-coumarate--CoA ligase-like 1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12112599 - 12116033 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988706`
GeneID	`130988706`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988706`
原始查询	`LOC130988706`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	4-coumarate--CoA ligase-like 1
产物	4-coumarate--CoA ligase-like 1
Arabidopsis	`AT1G62940` (ACOS5) acyl-CoA synthetase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842596] identity=68.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0310800` (OsACS9) - identity=65.7; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004467 (long-chain fatty acid-CoA ligase activity); GO:0046949 (fatty-acyl-CoA biosynthetic process)
KEGG	smil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00501 (AMP-binding); PF13193 (AMP-binding_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988706

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057768611.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057768611.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057768611.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057768611.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12112901`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr6:12113064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr6:12114464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr6:12114793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,B90
`Chr6:12114800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:12114932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr6:12114983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B32,B91,C86
`Chr6:12115326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C40
`Chr6:12115362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B27,B57,C19,C87
`Chr6:12115551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768611.1

542 aa

271

542

AMP-binding

AMP-binding_C

PF00501 AMP-binding 42-400 aa PF13193 AMP-binding_C 451-526 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768611.1`	Pfam	`PF00501`	AMP-binding	Family	42	400	6.2e-78	263.0	AMP-binding enzyme
`XP_057768611.1`	Pfam	`PF13193`	AMP-binding_C	Domain	451	526	1.4e-20	74.7	AMP-binding enzyme C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912628.1
AACATGTTATGATCAACAGAAAATTAATCTCCTATAAATGCTGAAAAAGTTAAACCAACTCCAACTCCAAAAAAGGAAATAAGTAATATGGGAACTGAAGCTAAAAGCTTAGTGCATGAAGAGATCATCTTCAGAAGCAAATTTCCAGCAGTTGAAGTTCCTAAAGATGTGACCCTGCCGGAGTTCGTGCTGTCGGGCATCGAACCGTATCTGGACAAGGTGGCGGTGGTGGACTCGATAACGGGAAAAGGGTACACGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988706
ATGGGAACTGAAGCTAAAAGCTTAGTGCATGAAGAGATCATCTTCAGAAGCAAATTTCCAGCAGTTGAAGTTCCTAAAGATGTGACCCTGCCGGAGTTCGTGCTGTCGGGCATCGAACCGTATCTGGACAAGGTGGCGGTGGTGGACTCGATAACGGGAAAAGGGTACACGTACAGAGAAGTGAAGAGGGACGTCTACAGATTCTCCAAGGCCCTGCGGTCGCTCGGGCTGAGGAAAGGCCGGGTGGTGGTGGTGCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768611.1
MGTEAKSLVHEEIIFRSKFPAVEVPKDVTLPEFVLSGIEPYLDKVAVVDSITGKGYTYREVKRDVYRFSKALRSLGLRKGRVVVVLLPNVAEYATLALGIMAAGGVFSGANPNGHASEIKSQVEAADAKLIVTDGSTYHKVKDLGVPVIIQGEDRIEGTINCEELLEAADKANTNTLFIDDKVLQTDLCALPFSSGTTGVSKGVMLSHENLVANLCSTLFGVGPELIGQVATLGLIPFFHIYGLTGICCATIKNKGMVVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器