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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001220

染色体: Chr06 坐标: 12585823-12588490 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001220
名称SmilChr06G001220
描述dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12585823 - 12588490 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988737
GeneID130988737
locus_tag-
NCBI NameLOC130988737
原始查询LOC130988737

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
产物dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
ArabidopsisAT2G35520 (DAD2)
Defender against death (DAD family) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818117]
identity=83.9; qcov=0.966; evalue=5.84e-66; confidence=high
RiceOs04g0397000 (dad-1)
-
identity=83.6; qcov=0.948; evalue=1.03e-63; confidence=high
GOGO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0008250 (oligosaccharyltransferase complex); GO:0016020 (membrane)
KEGGsmil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02109 (DAD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057768661.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057768661.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057768661.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768661.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768661.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12586052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B33,C82,C9
Chr6:12586053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:12588254 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 34 A20,A22,B1,B106,B111,B117,B12,B120,B126,B133,B19,B21,B37,B4,B42,B43,B51,B55,B60,B74,B77,B87,B97,B98,C10,C16,C23,C5,C62,C67,C72,D11,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768661.1
116 aa
N
1
58
116
DAD
C
PF02109 DAD 13-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768661.1 Pfam PF02109 DAD Family 13 116 1.6e-40 138.6 DAD family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912678.1
TCATTGCTAACGCGCGACCCCGCACACTTCCTCAGTTCCTCTACGGCCAAACGACGTCGTGTAACAAAATAGAGAGATTTTTAGAGCGTGAAATCCTTCCCTGAACCCTCACTCCGCCTGAATCTCATCACTCTCAAACAAATTAGAGAGATTTAGAGTGAGAGAAATGGGGAGATCGGCGACGACGAAGGATGCCCACGCCCTGTTTCACTCTCTCCGCTCTGCCTACGCCGCAACCCCTAATCAACTCAAGATCATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988737
ATGGGGAGATCGGCGACGACGAAGGATGCCCACGCCCTGTTTCACTCTCTCCGCTCTGCCTACGCCGCAACCCCTAATCAACTCAAGATCATTGATCTCTACATTCTGTTCGCTGTCGTCACCGCTGTGATTCAGGTTGCTTACATGGCTATTGTTGGATCATTCCCATTTAACTCCTTTCTTTCTGGTGTACTTTCATGCGTGGGGACTGCTGTGCTTGCTGTTAGTCTCCGAATTCAAGTAAACAAAGACAACAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768661.1
MGRSATTKDAHALFHSLRSAYAATPNQLKIIDLYILFAVVTAVIQVAYMAIVGSFPFNSFLSGVLSCVGTAVLAVSLRIQVNKDNKEFKDLPPERAFADFVLCNLVLHLVIVNFLG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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