当前解析结果
SmilChr06G001220| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001220 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001220 |
| 描述 | dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 12585823 - 12588490 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988737 |
|---|---|
| GeneID | 130988737 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988737 |
| 原始查询 | LOC130988737 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 |
| 产物 | dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 |
| Arabidopsis | AT2G35520 (DAD2)Defender against death (DAD family) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818117] identity=83.9; qcov=0.966; evalue=5.84e-66; confidence=high |
| Rice | Os04g0397000 (dad-1)- identity=83.6; qcov=0.948; evalue=1.03e-63; confidence=high |
| GO | GO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0008250 (oligosaccharyltransferase complex); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02109 (DAD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988737 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057768661.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057768661.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057768661.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768661.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768661.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:12586052 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B33,C82,C9 |
Chr6:12586053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr6:12588254 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 34 | A20,A22,B1,B106,B111,B117,B12,B120,B126,B133,B19,B21,B37,B4,B42,B43,B51,B55,B60,B74,B77,B87,B97,B98,C10,C16,C23,C5,C62,C67,C72,D11,D6,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768661.1PF02109
DAD 13-116 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768661.1 |
Pfam | PF02109 |
DAD | Family | 13 | 116 | 1.6e-40 | 138.6 | DAD family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。