Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002978`

染色体: Chr01 坐标: 48722597-48727893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002978`
名称	SmilChr01G002978
描述	NADH-cytochrome b5 reductase-like protein
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48722597 - 48727893 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988756`
GeneID	`130988756`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988756`
原始查询	`LOC130988756`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NADH-cytochrome b5 reductase-like protein
产物	NADH-cytochrome b5 reductase-like protein
Arabidopsis	`AT5G20080` (AT5G20080) FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832130] identity=75.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0174300` - identity=76.1; qcov=0.865; evalue=1.18e-158; confidence=high
GO	GO:0004128 (cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H)
KEGG	smil00541 (Biosynthesis of various nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00175 (NAD_binding_1); PF00970 (FAD_binding_6); PF08030 (NAD_binding_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057768693.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057768693.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.80000	`XP_057768693.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768693.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768693.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48725580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,A9,B70
`Chr1:48725733`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B26
`Chr1:48725733`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B26
`Chr1:48726182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B41
`Chr1:48726350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr1:48726381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:48727483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768693.1

319 aa

160

319

FAD_binding_6

NAD_binding_6

NAD_binding_1

PF00970 FAD_binding_6 73-175 aa PF08030 NAD_binding_6 182-250 aa PF00175 NAD_binding_1 185-291 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768693.1`	Pfam	`PF00970`	FAD_binding_6	Domain	73	175	1.2e-26	93.7	Oxidoreductase FAD-binding domain
`XP_057768693.1`	Pfam	`PF08030`	NAD_binding_6	Domain	182	250	4.2e-07	30.9	Ferric reductase NAD binding domain
`XP_057768693.1`	Pfam	`PF00175`	NAD_binding_1	Domain	185	291	1.3e-29	103.8	Oxidoreductase NAD-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912710.1
AAAACATTAGAATTTTTAATCTTGTAATTGGTCGATCCACGATGACGAGACGTCTTACATAGATGCGAAATCTACTCCTCATTCACTTTATAATTTTTGAGAAAAAATAAAATGAAATAAGAAATAAGGTTGTAGTTAATTAGTTGGAAAGAGTCGATTACCAATAAACTCTAAGTTCCAAAACCCTCACTGCACAGACACATTGCCACTGATCTCCACATTTCCATCTCCATTTCTCTGATTTAGGATCCGCAATGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988756
ATGGCGACATTTTTCAGAAGACTCGCAAAGGCTGCACCAATTGCTTTTGGAGTCCAAACTAAATCCGCTCCTCGCCTTCGATTCGGAGCTCTTGCCGCCATTTCCGGTGGAATCTCCGCTTACTACTTCTATTCGTCGCCAAATTTGGGGTACCTAGATCAACTCAATGAAGAAACTGCACCACAAGTTGCCCTAAATCCTGATAAATGGATTGAATTCAAGCTCCAAGAGAAGGCGCAAGCTAGCCATAATACTCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768693.1
MATFFRRLAKAAPIAFGVQTKSAPRLRFGALAAISGGISAYYFYSSPNLGYLDQLNEETAPQVALNPDKWIEFKLQEKAQASHNTQLFRFSFDPDVKLGLHVASCLITRAPNGQNAERKTKYVIRPYTPISDPDAKGYFDLLIKVYPEGKMSQHFASLKPGDVVEVKGPIEKFRYSPNMKKHIGMIAGGSGITPMLQVIDAILKNPDDNTQVSLIYANLSPDDILLKKKLDTLSASNPNLKVFYTVDNPTKDWLGGHGFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器