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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001965

染色体: Chr06 坐标: 24667499-24669954 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001965
名称SmilChr06G001965
描述cytochrome P450 81Q32-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向24667499 - 24669954 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988937
GeneID130988937
locus_tag-
NCBI NameLOC130988937
原始查询LOC130988937

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 81Q32-like
产物cytochrome P450 81Q32-like
ArabidopsisAT4G37320 (CYP81D5)
cytochrome P450, family 81, subfamily D, polypeptide 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829887]
identity=55.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0760200 (bel)
-
identity=43.2; qcov=1.03; evalue=4.61e-143; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00943 (Isoflavonoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057768911.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057768911.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768911.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768911.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768911.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:24667667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B140
Chr6:24667838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:24667865 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C17
Chr6:24667865 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C17
Chr6:24667872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,C46,C48
Chr6:24667950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr6:24669075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:24669226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,B64
Chr6:24669570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:24669586 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B137
Chr6:24669586 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B137
Chr6:24669588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B31,C17,C21,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768911.1
494 aa
N
1
247
494
p450
C
PF00067 p450 31-466 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768911.1 Pfam PF00067 p450 Domain 31 466 4.8e-98 329.6 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912928.1
ACAAATGAATAAAATGAACGTATGAATAATCCCTCTTCCATTATCTACTTCACTCCATTGTACCAATTACTTTATAAATACCAAACGGAATATCTAAGTCGGTGATTTCAACCTATAAATAGAGTGAGGAAGAAGTAGCTAGCAACACACACACGCACACACATATCCCAATCCACATCTACATTTAGCACCAAAATCAAGCATGGAAACAAGCTGGCTATACTCCCTCTCTGCTCTCTTGCTTTTTACCATAGCTTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988937
ATGGAAACAAGCTGGCTATACTCCCTCTCTGCTCTCTTGCTTTTTACCATAGCTTATAAATTTTTAACCAAACAAAATAGAAAAATCCCACCTAGCCCACTGCCGGCACTCCCTCTTCTAGGGCACCTCCACCTCCTCCGATTCCCTCTCCACCGCACCTACCGCGACCTCTCTCTCAAACTCGGCCCCATTTTCTCCCTCCGCTTCGGCAACCGCCTCATCGTGGTGGTCTCCTCCCCCGCCGCCGTCGACGAATGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768911.1
METSWLYSLSALLLFTIAYKFLTKQNRKIPPSPLPALPLLGHLHLLRFPLHRTYRDLSLKLGPIFSLRFGNRLIVVVSSPAAVDECFTKNDIVLANRPRFVSAKYIGYNFSSVVVAPYGDYWRNLRRLTTIEIFSTARLNTFQSIRDDEVRRMLANLGRESGSVVEIKALLSVLTFNNIMRMVAGKRYFGVDEAEDGDEGREFRELLNEVFKFGGVSNPGDFLPLLRWIDYMDFEKNLSRIASKIDGFLQRLIEEHRRKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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