Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003034

染色体: Chr01 坐标: 49366785-49371200 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003034
名称SmilChr01G003034
描述uncharacterized SmilChr01G003034
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49366785 - 49371200 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989323
GeneID130989323
locus_tag-
NCBI NameLOC130989323
原始查询LOC130989323

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842047]; symbol=AT1G55960; hit=AT1G55960; species=arabidopsis; confidence=high
产物Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842047]; symbol=AT1G55960; hit=AT1G55960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G55960 (AT1G55960)
Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842047]
identity=58.3; qcov=0.847; evalue=7.67e-133; confidence=high
RiceOs02g0468400
-
identity=48.1; qcov=0.818; evalue=2.56e-100; confidence=high
GOGO:0008289 (lipid binding)
KEGG-
PfamPF01852 (START)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989323

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057769269.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057769269.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769269.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057769269.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769269.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49368031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B66
Chr1:49368061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C39
Chr1:49368331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:49368544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:49368547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr1:49368662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,B98,C38,C60
Chr1:49369533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B94,C44,C59
Chr1:49369538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B94,C44,C59
Chr1:49370443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:49370795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769269.1
391 aa
N
1
196
391
START
C
PF01852 START 124-246 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769269.1 Pfam PF01852 START Domain 124 246 5.4e-10 39.7 START domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913286.1
AGCAGGTGTAACATTTTCCATGGCTTTTTGCACATCACAATCAGTCTCTTTAACTCTTTACATATTACAAGCATAGAGAGGGTAGGGTCTACAACGAAGAACAACTAATCTCTATTGTTATGTTTTGTGTTTCACCCTAGGCAACAACAAATTTCCCAACAGAAATCATCAAATGCAAGTTTTTGTACAAGTTGTTTCTCTACAACAATTCTTCTCCACTAAAGCTAGCAATGATGAACTCTCAAGAGCCTTAGTTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989323
ATGAATTCGATGTGGGAAGAAGAATTCAAATTCAGTGTGAGAATGGATGGCTACGGTCCCTATGGTTGGACATGGACCCTCTGTGTCTTACTCTTCATCTCCGTCTGCCGTTTCCTCTCAATCCGTCGCCGTCGTCGTCGCCATGCCCGACCACCAATTACTTCATCTTTTCCCGCCGCCGCACCCCTCCGCACTCCGCCAGTCATCTCTGATGCAGATTTGAAGAATCTCATGGACGAGCTCGATGAGAGCAAGTGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769269.1
MNSMWEEEFKFSVRMDGYGPYGWTWTLCVLLFISVCRFLSIRRRRRRHARPPITSSFPAAAPLRTPPVISDADLKNLMDELDESKCLGSNIWENVIDKSCNSISYRAKCCKPKDGVGPLKYLSVTTFEDCSVDVVLDFYMDSDYRMQWDKTVVKHQQLQLDQASATEFGRTIKKFSSLLTPREYVLAWKLWRGTDGSFYCFSKECEHPLAPKDRKFVRVAVFRSGWRIRKVPGRNACEIRMVHQEDARLNVEMAKLAFAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器