Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002962`

染色体: Chr06 坐标: 42402488-42404860 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002962`
名称	SmilChr06G002962
描述	putative receptor-like protein kinase At5g39000
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	42402488 - 42404860 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989699`
GeneID	`130989699`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989699`
原始查询	`LOC130989699`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative receptor-like protein kinase At5g39000
产物	putative receptor-like protein kinase At5g39000
Arabidopsis	`AT5G39000` (AT5G39000) Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833892] identity=39.3; qcov=1.06; evalue=2.61e-152; confidence=medium
Rice	`Os01g0769700` (DRUS2) - identity=37.5; qcov=1.1; evalue=4.33e-136; confidence=medium
GO	GO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057769750.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769750.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769750.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769750.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769750.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:42402674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B93,D10
`Chr6:42402689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B59,C37,C77
`Chr6:42402719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr6:42402784`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B120
`Chr6:42402784`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B120
`Chr6:42402841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B93,D10
`Chr6:42402939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B33
`Chr6:42402985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B125,C38,C44
`Chr6:42402997`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B125,C38,C44
`Chr6:42402997`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B125,C38,C44
`Chr6:42403017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C81,D3
`Chr6:42403082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B73,C63,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769750.1

737 aa

368

737

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 455-722 aa PF00069 Pkinase 456-720 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769750.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	455	722	1.2e-50	173.0	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057769750.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	456	720	7.6e-47	160.6	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913767.1
TAACTCATCATTCATCTTCCTTAAAAAAAAAAAAAAACTCATCATTCATCCTTCTATAATTTCTGTCCCCCAAAATCAGAGCATGAATTCGTGTCTGATTTCAGTTGGTTTGCTATTATTTCTCTGCTTCTTCATCACATTCTCTTCTTGGAGCAATAATCAAGCTGACTTCACAGGCGATGTTTCAATCAACTGCGGCTCTACTGGAGCTTCTGCAGCGCGCAATGGCAGCCAATGGCTCGGAGACGTACGCTCAAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989699
ATGAATTCGTGTCTGATTTCAGTTGGTTTGCTATTATTTCTCTGCTTCTTCATCACATTCTCTTCTTGGAGCAATAATCAAGCTGACTTCACAGGCGATGTTTCAATCAACTGCGGCTCTACTGGAGCTTCTGCAGCGCGCAATGGCAGCCAATGGCTCGGAGACGTACGCTCAAAACTCTCTCCACCGCTGCAGTTAAGGGGCTCATCAGCCGCATCAGCTGCCATCAATCAGTTGAGCTCTGCCGATCCAATTCCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769750.1
MNSCLISVGLLLFLCFFITFSSWSNNQADFTGDVSINCGSTGASAARNGSQWLGDVRSKLSPPLQLRGSSAASAAINQLSSADPIPHKTARISRSQFSYAFQLKAGQKIIRLHFNPTPYRGFKGLRDFFTVEAGPFTLLGNFSASLTADALRVNTFSKEFCLNIRENQQLIMTFTPESSRSQDTYAFINGIEITSVPANLSYFDGGLRVIGENSMVYVDDSTALEIVHRRRIKQDILQSSGGFDGVFPKWAIQRAKKVRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器