同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001431

染色体: Chr06 坐标: 15131109-15133859 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr06G001431
名称SmilChr06G001431
描述zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15131109 - 15133859 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990120
GeneID130990120
locus_tag-
NCBI 名称LOC130990120
原始查询LOC130990120

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like
产物zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like
拟南芥AT2G36320 (AT2G36320)
A20/AN1-like zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818205]
identity=47.62; qcov=0.694; evalue=4.42e-50; confidence=medium
水稻Os06g0612800 (Osi-SAP8)
-
identity=64.5; qcov=0.69; evalue=2.01e-76; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF01428 (zf-AN1); PF01754 (zf-A20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990120

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057770305.1
2 细胞质 0.60000 XP_057770305.1
3 细胞质基质 0.20000 XP_057770305.1
4 核质 0.20000 XP_057770306.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15131129 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 23 B1,B103,B119,B125,B14,B21,B22,B30,B34,B48,B53,B64,B7,B79,C15,C25,C6,C77,C82,C87,D11,D4,D5
Chr6:15131138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:15131205 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B44
Chr6:15131205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr6:15131219 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B9,C38
Chr6:15131219 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B9,C38
Chr6:15131251 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 5 A24,B122,B2,B93,C86
Chr6:15131251 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 5 A24,B122,B2,B93,C86
Chr6:15131255 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 30 A22,A6,A9,B120,B13,B135,B15,B27,B56,B57,B61,B74,B85,B86,B93,B94,B96,C12,C19,C37,C45,C46,C59,C60,C61,C71,C73,D1,D3,D7
Chr6:15131264 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B44
Chr6:15131264 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B44
Chr6:15131265 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 16 B101,B126,B132,B17,B29,B3,B69,B87,C10,C34,C38,C41,C55,C71,C9,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770305.1
242 aa
N
1
121
242
zf-A20
zf-AN1
C
PF01754 zf-A20 87-112 aa PF01428 zf-AN1 183-219 aa
XP_057770306.1
171 aa
N
1
86
171
zf-A20
zf-AN1
C
PF01754 zf-A20 16-41 aa PF01428 zf-AN1 112-148 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057770305.1 Pfam PF01754 zf-A20 Domain 87 112 2.8e-14 53.1 A20-like zinc finger
XP_057770305.1 Pfam PF01428 zf-AN1 Domain 183 219 3.3e-09 37.4 AN1-like Zinc finger
XP_057770306.1 Pfam PF01754 zf-A20 Domain 16 41 1.4e-14 54.1 A20-like zinc finger
XP_057770306.1 Pfam PF01428 zf-AN1 Domain 112 148 1.9e-09 38.2 AN1-like Zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914322.1
TTTCCCAATGGCAAAATGGTGAAAAGAGAGTTTGGTGAGGGCAGTATTCGTAATTTCGACCGACTCTTCTCCCATTTCCCTACTGTCGTATATAAGCAGATACAGCGCAATAAAAATAAAATTATAGTAATTCAATATCAAGGCCCCCTCTCTCTCTCTCCCCCCTCCGTTTCTCTCTTCACCTCTCAAATTGATCCAATTATCTGTTGGATTAAGGAAGTTGCATCTATGGAATCCTCCAAGGAAACCGGCTGCCAAGC...
XM_057914323.1
AATTAGACTCAGATTCACAGATCTGCGCAAGGGTTCTTTGTATTTCATGTGAAAAATTGAATCTTTTGCCTTCCGGTCCCTTCCTTTTTGTTGCTTTTCTTGTGGGTCAGGAAAAATATCATAAGAATTCTTGTTGTTTTTATTAAGCTAAGATCATCCTAACGCCTCTTTGTTTATCATTTCGAAGGAAGTTGCATCTATGGAATCCTCCAAGGAAACCGGCTGCCAAGCTCGAGAAGGCCCAATTCTTTGCATCAACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057770305.1_32252
ATGGTGAAAAGAGAGTTTGGTGAGGGCAGTATTCGTAATTTCGACCGACTCTTCTCCCATTTCCCTACTGTCGTATATAAGCAGATACAGCGCAATAAAAATAAAATTATAGTAATTCAATATCAAGGCCCCCTCTCTCTCTCTCCCCCCTCCGTTTCTCTCTTCACCTCTCAAATTGATCCAATTATCTGTTGGATTAAGGAAGTTGCATCTATGGAATCCTCCAAGGAAACCGGCTGCCAAGCTCGAGAAGGCCCAAT...
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057770306.1_32253
ATGGAATCCTCCAAGGAAACCGGCTGCCAAGCTCGAGAAGGCCCAATTCTTTGCATCAACAACTGTGGCTTTTTCGGCAGTGCTGCTACGATGAATATGTGCTCCAAGTGCCATAAAGACATGGTATTGAAACAGCAGCAGGCCCAGTTTGCTGCCGCGTCCATTGAGAACATGGTGAATGGCAGCAGCTCAAGCAGCATAGAGCCTCTCCCTGCTGATGCGGTGAACGCGAAAGCTGAGCCGGTCGAATTAAAAACCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770305.1
MVKREFGEGSIRNFDRLFSHFPTVVYKQIQRNKNKIIVIQYQGPLSLSPPSVSLFTSQIDPIICWIKEVASMESSKETGCQAREGPILCINNCGFFGSAATMNMCSKCHKDMVLKQQQAQFAAASIENMVNGSSSSSIEPLPADAVNAKAEPVELKTDAPRLTPDLVSSESSEPKPKEGPNRCTTCRKRVGLTGFSCRCGNMFCSVHRYSDKHECPFDYRSAAQDAIAKANPLVKADKLEKI
XP_057770306.1
MESSKETGCQAREGPILCINNCGFFGSAATMNMCSKCHKDMVLKQQQAQFAAASIENMVNGSSSSSIEPLPADAVNAKAEPVELKTDAPRLTPDLVSSESSEPKPKEGPNRCTTCRKRVGLTGFSCRCGNMFCSVHRYSDKHECPFDYRSAAQDAIAKANPLVKADKLEKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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