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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001458`

染色体: Chr06 坐标: 15431411-15434638 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001458`
名称	SmilChr06G001458
描述	polygalacturonase
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	15431411 - 15434638 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990146`
GeneID	`130990146`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990146`
原始查询	`LOC130990146`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase
产物	polygalacturonase
Arabidopsis	`AT3G57510` (ADPG1) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824918] identity=58.4; qcov=0.907; evalue=4.99e-154; confidence=high
Rice	`Os03g0216800` (OsPGL18) - identity=51.8; qcov=0.885; evalue=1.33e-116; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0009901 (anther dehiscence); GO:0010047 (fruit dehiscence); GO:0045490 (pectin catabolic process)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057770331.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057770331.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057770331.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770331.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770331.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:15431458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,D3
`Chr6:15431472`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	170	A1,A11,A14,A15,A20,A22,A24,A25,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B113,B114,B115,B117,B118,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B140,B15,B17,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B30,B32,B35,B36,B38,B39,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B7,B70,B71,B72,B74,B77,B78,B8,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C12,C13,C14,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C31,C32,C33,C36,C37,C38,C39,C40,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C63,C65,C68,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C82,C86,D1,D11,D3,D4,D6,D7
`Chr6:15431606`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B78
`Chr6:15431606`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B78
`Chr6:15431875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B50,C36,C49
`Chr6:15432532`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	101	A1,A10,A19,A2,A24,A25,A3,A8,B1,B103,B106,B11,B110,B114,B115,B117,B119,B124,B129,B13,B137,B138,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B26,B27,B28,B30,B37,B4,B40,B42,B45,B5,B59,B6,B60,B67,B68,B70,B71,B72,B77,B78,B80,B86,B9,B90,B94,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C15,C16,C2,C20,C21,C26,C29,C3,C31,C32,C35,C36,C37,C41,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C53,C6,C60,C63,C65,C67,C69,C7,C74,C77,C84,C87,C9,D1,D3,D5,D6,D7,D9
`Chr6:15432538`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	94	A1,A10,A19,A2,A24,A25,A3,A8,B106,B11,B110,B114,B115,B117,B119,B124,B129,B13,B137,B138,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B26,B27,B28,B30,B37,B4,B40,B45,B5,B59,B6,B60,B67,B68,B70,B71,B72,B78,B80,B86,B9,B90,B94,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C15,C16,C2,C20,C21,C26,C29,C3,C31,C32,C35,C36,C37,C41,C45,C47,C49,C5,C51,C53,C6,C60,C63,C67,C69,C7,C74,C77,C87,C9,D1,D3,D5,D6,D7,D9
`Chr6:15432607`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	A19,B26,B37,B71,C3,C32,C47,C77
`Chr6:15432855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C86
`Chr6:15433867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770331.1

419 aa

210

419

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 51-82 aa PF00295 Glyco_hydro_28 78-408 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770331.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	51	82	1.3e-08	35.6	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057770331.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	78	408	1.1e-101	340.9	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914348.1
TCATCATTTCATTGGGTAGCCAAAAAAGAAGAGTAGATATGTGCGACGCAAATAATGTTTTGAAGTTGCTGATTGTTTTTGTTTGTTTAAGTTCAATTTGCAGCAACGATGAGTTTGGGTGTGAGGTTGCCGAATTTTATCCTTGGTATTCCTATATTAGTCAGCTCATCACTTATAAATCTAGCTCTATTAATGTAGTAGATTTTGGAGCTAAAGGTGATGGAAAAACTGATGATACTAAGGCGTTTCAGAGTGCTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990146
ATGTGCGACGCAAATAATGTTTTGAAGTTGCTGATTGTTTTTGTTTGTTTAAGTTCAATTTGCAGCAACGATGAGTTTGGGTGTGAGGTTGCCGAATTTTATCCTTGGTATTCCTATATTAGTCAGCTCATCACTTATAAATCTAGCTCTATTAATGTAGTAGATTTTGGAGCTAAAGGTGATGGAAAAACTGATGATACTAAGGCGTTTCAGAGTGCTTGGAAATCAGCTTGTTCGTCTAAGCAGGATGTCACTTTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770331.1
MCDANNVLKLLIVFVCLSSICSNDEFGCEVAEFYPWYSYISQLITYKSSSINVVDFGAKGDGKTDDTKAFQSAWKSACSSKQDVTFVVPNYKTFLLKPSTFSGPCKSNITINIGGSMIASDNRSDYSKDRRHWIMFHTLHNLSLRGGGTINGNGNIWWQNSCKIDKSKPCKVAPTALTFYECTNLVLKHLRIENAQQIHVSIEKCRNVEVSRIVVNAPQNSPNTDGIHVAATQNIQISNCIIGTGDDCISIVSGSNKVHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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