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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003132

染色体: Chr01 坐标: 50141513-50144436 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003132
名称SmilChr01G003132
描述O-fucosyltransferase 36-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50141513 - 50144436 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990229
GeneID130990229
locus_tag-
NCBI NameLOC130990229
原始查询LOC130990229

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 36-like
产物O-fucosyltransferase 36-like
ArabidopsisAT5G50420 (AT5G50420)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835110]
identity=61.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0572600
-
identity=55.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0036066 (protein O-linked glycosylation via fucose); GO:0046922 (peptide-O-fucosyltransferase activity)
KEGGsmil00514 (Other types of O-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF10250 (O-FucT); PF28573 (OFUT_helical_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057770446.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057770446.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770446.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770446.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50141959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:50142660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr1:50143476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C2,C42
Chr1:50143745 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr1:50143745 GTA G 2bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr1:50143847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:50144060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,C32,C68,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770446.1
572 aa
N
1
286
572
OFUT_helical_N
O-FucT
C
PF28573 OFUT_helical_N 101-179 aa PF10250 O-FucT 246-546 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770446.1 Pfam PF28573 OFUT_helical_N Domain 101 179 1.2e-25 90.4 O-fucosyltransferase N-terminal helical domain
XP_057770446.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 246 546 1.1e-09 39.1 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914463.1
ACACGAGCCCATATAAAAACGGGTCATGTTGCAGCTGGTAGATCCGGTAGCAGGTCATTTTCCACCGACGATCTTCTTCTCCGATCAACAATCAATGATGCAGAATTAGTTGTGGTTTCTGCACTTCCCTTCCTTCTCACTCTTCCCCTCCCAACCAAACACGCCTTTATCTCTCTCTCTCTTCTCTCGTACACACACAGAGAAGAGATCCGGATAGGCGGTGCTCACTAAGCATACAAACTAATTGCTACTTCTTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990229
ATGATGGAGAGGGAGCTATCGGACGAAGAGGAGGATCGGGAGAATCTGATTTCGCAAAATGCCAGGCCAAACGACGTCGTGAAGTCGCCCGATCACCACAACCACCGCTCGGCTTTCCGAATCGACGACGAATTGAGGAATCGAGTCTCCGGCGCTGCGCGCAGGTTCAATAAGAGGTACATTCTCGCGATTTTTCTGCCCGTGGTGATTTTGGTAGTGTATCTAACTACTGATTTGAAGAATGTGTTCCGGATGCGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770446.1
MMERELSDEEEDRENLISQNARPNDVVKSPDHHNHRSAFRIDDELRNRVSGAARRFNKRYILAIFLPVVILVVYLTTDLKNVFRMRVPSIRDIGGNGPLANRMRESELRALYLLKQQEIELVKMWNYTTLVGRSNFSLVNNSDSVNLNSGNDNGVLEGLRSRVFGQISLNKQIQGALLSAHESEGSVDLSANYTDSSLSDWTSCKKVDQRLSERKTIEWNPKSNKYLFAICVSGQMSNHLICLEKHMFFAALLNRVLVIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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