当前解析结果
SmilChr06G001651| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001651 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001651 |
| 描述 | probable glutathione S-transferase |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 18710658 - 18712517 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990311 |
|---|---|
| GeneID | 130990311 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990311 |
| 原始查询 | LOC130990311 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable glutathione S-transferase |
| 产物 | probable glutathione S-transferase |
| Arabidopsis | AT2G29420 (GSTU7)glutathione S-transferase tau 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817491] identity=42.3; qcov=0.939; evalue=2.62e-66; confidence=medium |
| Rice | Os09g0467200 (OsGSTU17)- identity=45; qcov=0.952; evalue=1.5e-67; confidence=medium |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990311 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057770512.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057770512.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770512.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770512.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770512.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:18711339 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr6:18712239 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B62,C42 |
Chr6:18712244 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 50 | A10,A11,A15,A25,A5,A7,B1,B109,B112,B115,B124,B138,B20,B29,B41,B42,B43,B44,B49,B5,B55,B65,B76,B79,B86,B90,B91,B92,B93,B99,C16,C21,C24,C26,C34,C36,C43,C45,C48,C5,C51,C53,C58,C60,C70,C78,C81,C86,D2,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770512.1PF02798
GST_N 10-79 aa
PF13417
GST_N_3 12-80 aa
PF13409
GST_N_2 19-80 aa
PF00043
GST_C 122-196 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770512.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 10 | 79 | 1.1e-15 | 58.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057770512.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 12 | 80 | 1.2e-12 | 48.7 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057770512.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 19 | 80 | 6.7e-12 | 46.6 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057770512.1 |
Pfam | PF00043 |
GST_C | Domain | 122 | 196 | 3e-06 | 28.1 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。