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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001719

染色体: Chr06 坐标: 19805275-19814163 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001719
名称SmilChr06G001719
描述kinesin-like protein KIN-14K
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19805275 - 19814163 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990370
GeneID130990370
locus_tag-
NCBI NameLOC130990370
原始查询LOC130990370

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-14K
产物kinesin-like protein KIN-14K
ArabidopsisAT1G18410 (AT1G18410)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838422]
identity=57.8; qcov=0.507; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0744000 (KIN14C)
-
identity=64.1; qcov=0.391; evalue=0; confidence=low
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF00307 (CH); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057770575.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 0.80000 XP_057770575.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770575.1
4 Spindle Spindle 0.20000 XP_057770575.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770575.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19807489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B69,C30
Chr6:19807507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:19807588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B52,B77,C37,C43
Chr6:19808041 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A18,B122,B133,C28
Chr6:19808084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B69,C30
Chr6:19808138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B93,C17,D10
Chr6:19808494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr6:19808540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:19808596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:19809373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26
Chr6:19809553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:19809568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770575.1
1318 aa
N
1
659
1318
CH
Microtub_bd
Kinesin
C
PF00307 CH 34-131 aa PF16796 Microtub_bd 917-1076 aa PF00225 Kinesin 936-1255 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770575.1 Pfam PF00307 CH Domain 34 131 2.7e-12 47.6 Calponin homology (CH) domain
XP_057770575.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 917 1076 9.1e-44 149.8 Microtubule binding
XP_057770575.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 936 1255 9.4e-108 360.8 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914592.1
TCCCAACAGCTTTCGGAAGACCAACCACCCAACCAAAATGTTTCATCATTTACTTTTTACTACAACAAATTACTTCACCACTGAAACAACACAATCTACATTTACATTTTCCAGAAAATCAAAATGTCCAAATATTCATACTAGAATATGCATAGATTTATGTCTCTCCACAATTTTGCCAGCTTTCAGATTCTTTCGGACATCAAATGTTTATAAACCGGAGAAATTCCTTATTGATTGAATTTATGTTTCCTCTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990370
ATGGACCGGAATGTAAAAGACTCTGCTAGACTTAACAGCTCAAGTTTTTCCAGCAGGAGTGATGGTTTTGAATCTGTCTCGAGTAACAATGCTAAGCATCAGGCTAGTTTGGTGGAATGGTTAAATGGCGTTCTTCCTGACCTACGTGTGCCAGCAAATGCTTCGGATGAGGAATTACGGGATATCCTTATTGATGGATCTGTCCTATGTCGAATACTAAACAAGCTAAAACCTGGCTCCGTGCCTGAGCATGACTCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770575.1
MDRNVKDSARLNSSSFSSRSDGFESVSSNNAKHQASLVEWLNGVLPDLRVPANASDEELRDILIDGSVLCRILNKLKPGSVPEHDSKSQVERVGRFLSAMDEMGLPRFQVADLEKGSMKMVLDCLSTLRTQFMLRFSRMDSTSSGWKSVGERMASANSTPKEERFRMLSSPPFGEDRRRLLPDSKSPHGLRSSPKMTAGVMSHAGHKFHEVFQLKQGSYTDLPAAKISEMMKSNSLDNAPTQSLLSVVNGILDESVEMKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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