当前解析结果
SmilChr06G000639| 统一基因 ID | SmilChr06G000639 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000639 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000639 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 5651680 - 5654412 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990400 |
|---|---|
| GeneID | 130990400 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130990400 |
| 原始查询 | LOC130990400 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0610000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0610000; species=rice; confidence=low |
| 拟南芥 | AT1G40087 (AT1G40087)Plant transposase (Ptta/En/Spm family) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840721] identity=24.92; qcov=0.535; evalue=1.87e-21; confidence=weak |
| 水稻 | Os04g0610000- identity=30.04; qcov=0.436; evalue=1.37e-28; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24); PF03017 (Transposase_23) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990400 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770621.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:5651697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,D8,D9 |
Chr6:5651718 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C17,C42,C56,C68 |
Chr6:5651720 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr6:5651740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C36 |
Chr6:5651868 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | B10,B124,B20,B29,B6,B60,B65,B72,C10,C46,C59,C66,C7,C82,C83,D8,D9 |
Chr6:5651914 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B79 |
Chr6:5652150 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr6:5652319 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B41,B69,C3,C69 |
Chr6:5652375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B112,B41,C3,C69 |
Chr6:5652398 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A11,B112,B122,B33,B57,C52,C69 |
Chr6:5652402 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr6:5652688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B43,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770621.1PF03004
Transposase_24 264-390 aa
PF03017
Transposase_23 468-533 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770621.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 264 | 390 | 1.2e-21 | 78.0 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
XP_057770621.1 |
Pfam | PF03017 |
Transposase_23 | Domain | 468 | 533 | 3.3e-12 | 46.8 | TNP1/EN/SPM transposase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。