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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003187`

染色体: Chr01 坐标: 50614422-50620726 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003187`
名称	SmilChr01G003187
描述	protein PHYTOCHROME-DEPENDENT LATE-FLOWERING
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	50614422 - 50620726 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990695`
GeneID	`130990695`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990695`
原始查询	`LOC130990695`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PHYTOCHROME-DEPENDENT LATE-FLOWERING
产物	protein PHYTOCHROME-DEPENDENT LATE-FLOWERING
Arabidopsis	`AT1G72390` (AT1G72390) nuclear receptor coactivator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843571] identity=48.6; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0391100` - identity=46; qcov=0.113; evalue=7.32e-15; confidence=weak
GO	GO:0000124 (SAGA complex); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF12090 (Spt20_SEP); PF20474 (PHL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990695

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770908.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057770908.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770908.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770908.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770908.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:50615375`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B97
`Chr1:50615375`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B97
`Chr1:50615426`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B53
`Chr1:50615426`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B53
`Chr1:50615558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:50615796`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:50615870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B100,D9
`Chr1:50616965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr1:50616979`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr1:50618092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr1:50618150`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr1:50619300`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B68,B78,C5,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770908.1

1304 aa

652

1304

Spt20_SEP

PHL

PF12090 Spt20_SEP 69-223 aa PF20474 PHL 672-825 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770908.1`	Pfam	`PF12090`	Spt20_SEP	Domain	69	223	7.3e-24	85.1	Spt20, SEP domain
`XP_057770908.1`	Pfam	`PF20474`	PHL	Domain	672	825	1.1e-75	253.6	PHL domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914925.1
ATTTTAGTTTCCTGCAAATAATACACAGAGCTCAACTCAAGTCTGCGCTCTCTCCTTCTCTCTCATCACAGGCACACAGCGAAGAACAAGCAAATCAATTTCTGCAATTGTCTCTTCAATTCATGAATTATATGCATTTTATCTGATTTTTCAAGTTGCCGAGACAGTGAATTCAGTTTGTAGAGATCCCTATAGTTATGGGGATCTCGTTTAAGGTCTCCAAAACCGGTAGGCGGTTTCGCCCGAAACCGGTGCCGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990695
ATGGGGATCTCGTTTAAGGTCTCCAAAACCGGTAGGCGGTTTCGCCCGAAACCGGTGCCGTCAACCGCCGCCGTTTTACGCGCCGACGATGAGGAATTGAACGATGCGCCAATTGCTGTGTCGAAGCCCAGAACTGATGCCATTTCGGTGTCTGCTCGGAAGCTGGTAGAGGCCAGGGAGCACAGGGGAATAACTAAAATTGGCGATAATGAAGTTTCGTTCACTCTTAAACTTTTTCCGGATGGATATTCAGTTGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770908.1
MGISFKVSKTGRRFRPKPVPSTAAVLRADDEELNDAPIAVSKPRTDAISVSARKLVEAREHRGITKIGDNEVSFTLKLFPDGYSVGKPVENESGNQTSIDVPKFLHPYDRASEALFSAIESGRLPGDILEDIPCKYIDGTLICEVRDYRKCFPEGVNVTSGESSPAINRVSLKMSLENIVKDIPAISENGWTYGDLMEVESRILKAIQPQLCLDPSPQLDKLSEDPVQNKLNLELRSMRRKRLRQISEANNHGKKASLDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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