Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000211`

染色体: Chr07 坐标: 1338719-1340495 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000211`
名称	SmilChr07G000211
描述	chlorophyllase-2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1338719 - 1340495 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991408`
GeneID	`130991408`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991408`
原始查询	`LOC130991408`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chlorophyllase-2
产物	chlorophyllase-2
Arabidopsis	`AT5G43860` (CLH2) chlorophyllase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834408] identity=60.5; qcov=0.987; evalue=8.64e-138; confidence=high
Rice	`Os10g0419600` (OsCHL) - identity=46.3; qcov=1.02; evalue=3.82e-98; confidence=high
GO	GO:0015996 (chlorophyll catabolic process); GO:0047746 (chlorophyllase activity)
KEGG	smil00860 (Porphyrin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03403 (PAF-AH_p_II); PF07224 (Chlorophyllase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057771606.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057771606.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771606.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771606.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771606.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1339055`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	76	A1,A11,A15,A18,A2,A21,B1,B100,B101,B103,B108,B112,B117,B119,B124,B125,B132,B133,B134,B135,B137,B140,B16,B22,B24,B26,B27,B30,B32,B35,B41,B42,B43,B47,B5,B50,B54,B56,B58,B59,B63,B65,B75,B77,B79,B86,B87,B9,B90,B92,B95,B96,C1,C20,C23,C25,C34,C4,C43,C46,C48,C49,C54,C59,C60,C63,C7,C76,C77,C78,C8,C82,C85,C87,D2,D9
`Chr7:1339099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr7:1339186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:1339215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C46,C8
`Chr7:1339245`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B19,B38,B39,B86,C17,C54
`Chr7:1339252`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B19,B38,B39,B86,C17,C54
`Chr7:1339258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr7:1339263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr7:1339342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:1339380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B88,C63
`Chr7:1339533`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B108,B32,C77
`Chr7:1339533`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B108,B32,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771606.1

318 aa

159

318

Chlorophyllase

PAF-AH_p_II

PF07224 Chlorophyllase 10-316 aa PF03403 PAF-AH_p_II 55-90 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771606.1`	Pfam	`PF07224`	Chlorophyllase	Family	10	316	2.7e-133	444.1	Chlorophyllase
`XP_057771606.1`	Pfam	`PF03403`	PAF-AH_p_II	Domain	55	90	2.3e-05	23.9	Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915623.1
AACCCAACTACCAACTACCCAACTAGTGGGGTTTTAAAGGCCACAAAAACTACAACTTTTTTCTTATCCTTTTCCAAAGGAAAAAAGAAAAATAGTTCACAAGATAGAAACACACACACACACACACATTCATAAAAAGAAAGAGAAGGCTGCAGACTTGCCATAGTCATGAGTCCTTCAACTTCAATTCCTTCCACAAATGTTTTTGAAATAGGAAATTGCATCACCACATTAATAAAAGTTGAGCCAAAATTATGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991408
ATGAGTCCTTCAACTTCAATTCCTTCCACAAATGTTTTTGAAATAGGAAATTGCATCACCACATTAATAAAAGTTGAGCCAAAATTATGCAATAGAAATAATAATAATAATAATAATAGTAGCCCTCCAAAGCCACTCTTGATTTGCAGCCCCTTAGAAGCAGGTGTTTTCCCAGTTTTATTGTTCCTTCATGGCTATCTTCTCTACAACTCTTTCTACTCTCTCCTTCTTCAACACATAGCATCGCATGGCTTCGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771606.1
MSPSTSIPSTNVFEIGNCITTLIKVEPKLCNRNNNNNNNSSPPKPLLICSPLEAGVFPVLLFLHGYLLYNSFYSLLLQHIASHGFVVVAPQLYSIAGADANEEIKITAKITNWLALGLGQLLPPNVEPNLAKLGLAGHSRGGKVAFALALSKSSTTSLKFSALIGIDPVDGTDMGKQTPPPVLTYTPHSFNLDSTAVLVVGSGLGEVRRNPFFHPCAPKGVNHEDFYNECCKPAYYFVAKDYGHLDMLDDDTKGIRGKIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器