Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000466

染色体: Chr07 坐标: 3277460-3279058 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000466
名称SmilChr07G000466
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3277460 - 3279058 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991659
GeneID130991659
locus_tag-
NCBI NameLOC130991659
原始查询LOC130991659

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
产物UDP-glucosyltransferase 29-like
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=32.5; qcov=1; evalue=1.91e-59; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=41.7; qcov=1.01; evalue=5.99e-113; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF06722 (EryCIII-like_C); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771973.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771973.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771973.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771973.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3277595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:3277610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,C40,C52,D8
Chr7:3277725 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B95,D9
Chr7:3277725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D9
Chr7:3277844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C29,C71,C80
Chr7:3277870 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B111,B134,C62,C71
Chr7:3277870 CG C 1bp_deletion CDS_variant 4 B111,B134,C62,C71
Chr7:3277873 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B111,B134,C62
Chr7:3277873 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 B111,B134,C62
Chr7:3277949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,C3,C46,C80,C84
Chr7:3277961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:3278003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771973.1
442 aa
N
1
221
442
Glyco_transf_N
UDPGT
EryCIII-like_C
C
PF26168 Glyco_transf_N 7-229 aa PF00201 UDPGT 255-402 aa PF06722 EryCIII-like_C 321-421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771973.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 7 229 6.1e-12 46.6 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057771973.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 255 402 2.2e-15 57.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase
XP_057771973.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 321 421 5.6e-08 33.6 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915990.1
ATATACTAAACACTAATTAAACACAAGAACACAACCATTATATATCAAAACTTTGACCATATCATCAAATTCTCCTTCATAGGGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGTGTGTGTGTTGATCAATGGAGGCAAAGGAAGCAAGTCTATCGATCTTAATGTTCCCATGGTTAGCCCACGGCCATGTCTTCCCCTACCTCGAGCTAGCCAACCATCTCTCCAACCTAAACTTCACCATCTTCTTCTGCTCCACTCCCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991659
ATGGAGGCAAAGGAAGCAAGTCTATCGATCTTAATGTTCCCATGGTTAGCCCACGGCCATGTCTTCCCCTACCTCGAGCTAGCCAACCATCTCTCCAACCTAAACTTCACCATCTTCTTCTGCTCCACTCCCATCATTCTCCAATCCCTCCCCGACCACCGCGACACCCCGATCACCCTCGTCCCCCTCCACCTCCCCTCCCCGCCGGATCTCCCGCCGGAGCTCCACACCACCAAGCACGCGCCGCCCCACCTCATACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771973.1
MEAKEASLSILMFPWLAHGHVFPYLELANHLSNLNFTIFFCSTPIILQSLPDHRDTPITLVPLHLPSPPDLPPELHTTKHAPPHLIPRLREALHASQAAFSAILASLSPSMLIFDFFQPWAADAAAALNIPAVHFATTGAAAYSFYYHNFTRKGSPFPHDAMYLRRHEWAALRATTSNLKMGNLESGIPHFNRSRDVVLMKTARAVEGKYMDYLSQLCNKKIVAVGPLITTAADNGGHDSDIMNWLSKKERFSTIFVSFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器