Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN
同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001463

染色体: Chr07 坐标: 11461722-11474578 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G001463
名称SmilChr07G001463
描述probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11461722 - 11474578 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992549
GeneID130992549
locus_tag-
NCBI 名称LOC130992549
原始查询LOC130992549

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC
产物probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC
拟南芥AT3G04240 (SEC)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819579]
identity=81.4; qcov=0.942; evalue=0.0; confidence=high
水稻Os02g0489550
-
identity=75.91; qcov=0.362; evalue=0.0; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0006493 (protein O-linked glycosylation); GO:0016262 (protein N-acetylglucosaminyltransferase activity)
KEGGsmil00514 (Other types of O-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF13174 (TPR_6); PF13176 (TPR_7); PF13181 (TPR_8); PF13374 (TPR_10); PF13414 (TPR_11); PF13424 (TPR_12); PF13431 (TPR_17); PF13432 (TPR_16); PF13844 (Glyco_transf_41); PF14559 (TPR_19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992549

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞质基质 1.00000 XP_057773207.1
2 细胞质 0.80000 XP_057773207.1
3 细胞核 0.40000 XP_057773207.1
4 细胞膜 0.20000 XP_057773207.1
5 高尔基体 0.20000 XP_057773207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11469709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B37,B40,B63
Chr7:11469829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B49,B79,C36
Chr7:11470207 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B113
Chr7:11470207 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B113
Chr7:11470209 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B113
Chr7:11470209 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B113
Chr7:11471880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:11472078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr7:11473415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B49,B59,C84
Chr7:11473440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:11473484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C5
Chr7:11474090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773207.1
987 aa
N
1
494
987
TPR_8
TPR_11
TPR_16
TPR_17
TPR_8
TPR_1
TPR_2
TPR_7
TPR_10
TPR_11
TPR_16
TPR_2
TPR_1
TPR_7
TPR_8
TPR_11
TPR_19
TPR_17
TPR_1
TPR_2
TPR_8
TPR_6
TPR_12
TPR_16
TPR_11
TPR_10
TPR_1
TPR_2
TPR_8
TPR_7
TPR_16
TPR_11
TPR_1
TPR_10
TPR_2
TPR_8
TPR_7
TPR_16
TPR_11
TPR_8
TPR_11
TPR_2
TPR_8
TPR_7
Glyco_transf_41
Glyco_transf_41
C
PF13181 TPR_8 131-163 aa PF13414 TPR_11 139-179 aa PF13432 TPR_16 143-196 aa PF13431 TPR_17 153-184 aa PF13181 TPR_8 165-196 aa PF00515 TPR_1 165-197 aa PF07719 TPR_2 165-197 aa PF13176 TPR_7 167-195 aa PF13374 TPR_10 169-194 aa PF13414 TPR_11 174-213 aa PF13432 TPR_16 210-265 aa PF07719 TPR_2 233-265 aa PF00515 TPR_1 233-266 aa PF13176 TPR_7 235-264 aa PF13181 TPR_8 235-265 aa PF13414 TPR_11 243-281 aa PF14559 TPR_19 244-301 aa PF13431 TPR_17 255-286 aa PF00515 TPR_1 268-299 aa PF07719 TPR_2 268-299 aa PF13181 TPR_8 268-299 aa PF13174 TPR_6 268-300 aa PF13424 TPR_12 269-330 aa PF13432 TPR_16 271-332 aa PF13414 TPR_11 310-348 aa PF13374 TPR_10 335-364 aa PF00515 TPR_1 336-368 aa PF07719 TPR_2 336-368 aa PF13181 TPR_8 336-368 aa PF13176 TPR_7 337-368 aa PF13432 TPR_16 340-394 aa PF13414 TPR_11 342-380 aa PF00515 TPR_1 406-434 aa PF13374 TPR_10 407-432 aa PF07719 TPR_2 407-434 aa PF13181 TPR_8 407-434 aa PF13176 TPR_7 408-433 aa PF13432 TPR_16 409-469 aa PF13414 TPR_11 412-451 aa PF13181 TPR_8 440-469 aa PF13414 TPR_11 444-485 aa PF07719 TPR_2 471-503 aa PF13181 TPR_8 471-503 aa PF13176 TPR_7 473-506 aa PF13844 Glyco_transf_41 518-755 aa PF13844 Glyco_transf_41 768-954 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 131 163 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 139 179 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 143 196 1.5e-46 157.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13431 TPR_17 Repeat 153 184 5.7e-52 170.4 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 165 196 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 165 197 3.6e-91 296.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 165 197 1.5e-71 231.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 167 195 1.6e-45 150.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 169 194 6.9e-28 96.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 174 213 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 210 265 1.5e-46 157.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 233 265 1.5e-71 231.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 233 266 3.6e-91 296.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 235 264 1.6e-45 150.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 235 265 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 243 281 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF14559 TPR_19 Repeat 244 301 1.1e-35 122.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13431 TPR_17 Repeat 255 286 5.7e-52 170.4 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 268 299 3.6e-91 296.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 268 299 1.5e-71 231.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 268 299 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13174 TPR_6 Repeat 268 300 2.8e-16 59.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 269 330 1.3e-43 147.8 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 271 332 1.5e-46 157.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 310 348 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 335 364 6.9e-28 96.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 336 368 3.6e-91 296.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 336 368 1.5e-71 231.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 336 368 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 337 368 1.6e-45 150.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 340 394 1.5e-46 157.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 342 380 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 406 434 3.6e-91 296.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 407 432 6.9e-28 96.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 407 434 1.5e-71 231.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 407 434 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 408 433 1.6e-45 150.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 409 469 1.5e-46 157.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 412 451 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 440 469 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 444 485 7.8e-75 247.0 TPR repeat
XP_057773207.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 471 503 1.5e-71 231.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 471 503 8e-62 200.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 473 506 1.6e-45 150.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057773207.1 Pfam PF13844 Glyco_transf_41 Family 518 755 1.2e-152 509.7 Glycosyl transferase family 41
XP_057773207.1 Pfam PF13844 Glyco_transf_41 Family 768 954 1.2e-152 509.7 Glycosyl transferase family 41

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917224.1
AATAATTCACTGGTTCAGTTTTATTCGATTCTATCCTCATTATGAATATTTTGATTCTTCTGAAGTCCTAAAATTAAAAAAGAAAAAATTGATTCTCCTTTTTATTTATTTTTTATTTTTTTTGTTGGGCGATTTTATGAGGAAGGCTAAGGATAAAAGAGTAATTGGAATGAGCGAGGAGTTCTAGAGGAATCGCTGTTAAGGCAGAGTTAACCGAAAGGGAAGAACACTGAGACGAGGAAAAGGGGATTCTCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057773207.1_36302
ATGCTGTCGTTGCAGAGCGATCCGCGGCAGTACAACCTCAATCTGCAGCAGCTACAGCAGCAGCAGCAGCCCCAGCATGTGGCTAGGGTTCCGTACAATGTCGGCACCGATCATCACCGGGAGGAGTCGTCCTTGGCTTTGGTCTCTTCGAGTAATATCAAGCAAGAGACTTCTCGTGAAGTTGATGAAGACACACTCTTGAACCTTGCTCATCAAAATTATAAAGCTGGCAATTATAAGCAGGCACTAGAACACAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773207.1
MLSLQSDPRQYNLNLQQLQQQQQPQHVARVPYNVGTDHHREESSLALVSSSNIKQETSREVDEDTLLNLAHQNYKAGNYKQALEHSKAVYERNPRRTDNLLLLGATYYQLHDFDLCIAKNEEAIRIDPQFAECYGNMANAWKEKGNIDVAIRYYLIAIELRPNFADAWSNLASAYMRKGRFTEAAQCCRQALALNPRLVDAHSNLGNLMKAQGLVQEAYNCYLDALGIQPTFAIAWSNLAGLFMEAGDLNRALQYYKEAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器