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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003506`

染色体: Chr01 坐标: 53639190-53642825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003506`
名称	SmilChr01G003506
描述	cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53639190 - 53642825 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992917`
GeneID	`130992917`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992917`
原始查询	`LOC130992917`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1-like
产物	cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1-like
Arabidopsis	`AT2G44270` (ROL5) repressor of lrx1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819035] identity=85.4; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0762300` (NCS6) - identity=81.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000049 (tRNA binding); GO:0002143 (tRNA wobble position uridine thiolation); GO:0002144 (cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG	smil04122 (Sulfur relay system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01171 (ATP_bind_3); PF16503 (zn-ribbon_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992917

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057773648.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773648.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057773648.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773648.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773648.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53639977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C60
`Chr1:53640258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:53640282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:53640306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr1:53640342`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B2,B35,C35
`Chr1:53640702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:53642337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,A9,B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773648.1

359 aa

180

359

ATP_bind_3

zn-ribbon_14

PF01171 ATP_bind_3 50-261 aa PF16503 zn-ribbon_14 294-324 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773648.1`	Pfam	`PF01171`	ATP_bind_3	Domain	50	261	6.2e-17	62.4	PP-loop domain
`XP_057773648.1`	Pfam	`PF16503`	zn-ribbon_14	Family	294	324	2.1e-17	63.0	Zinc-ribbon

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917665.1
GCATCATTAGAGTTGAAAGTATGGCGTAAAACGTAGTTAAGCAAGGTATGGTCTTTCTTCTAGTTTTCATACCCCAGTCCTGTGAATCTTTGGTATTCTACTTTTGATTAGGCAAGAAATTAAACTAGGCATTGGTTTGCTTCTGTATCATACGAATTTTTGTAAGGTTTTACCGCAAATTTAAGAAAATTCTGAAGGCTTAAAAATATTCAAATAGAAAAAGAAGCCGCACCAGTTGTGCTGATATGGCGTCGGGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992917
ATGGCGTCGGGAGCAGCCGTTGAAACGGCGGCGAAGCCTAGAGGCGGTAGGTTTTGCACTATTTGCAACGCCAAGCGTGCCGCCCTCAAGCGTCCCAAAACCCTAGAACAAATATGCAAAGAGTGTTTCTATGCAGTTCTCGAAGATGAAATTCACAGAGTAATTGTTGATAATCATCTCTTCAAGCGGGGCGAACGCGTAGCAATTGGAGCTTCTGGAGGAAAAGATTCAACTGTGCTTGCATATGTGTTGTCCGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773648.1
MASGAAVETAAKPRGGRFCTICNAKRAALKRPKTLEQICKECFYAVLEDEIHRVIVDNHLFKRGERVAIGASGGKDSTVLAYVLSELNRRHDYGLDLFLLSVDEGITGYRDDSLETVKRNEIQYGLPLKVVSYKDLYGWTMDEIVKLIGLKNNCTFCGVFRRQALDRGASLLKVDKLVTGHNADDIAETVLLNILRGDIARLSRCTSIITGEDGPIPRCKPFKYTYEKEIVMYAYFKRLDYFSTECIYSPNAYRGFAREF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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