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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002063

染色体: Chr07 坐标: 18765217-18768201 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002063
名称SmilChr07G002063
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP19, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18765217 - 18768201 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993146
GeneID130993146
locus_tag-
NCBI NameLOC130993146
原始查询LOC130993146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP19, chloroplastic
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP19%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G13410 (AT5G13410)
FKBP-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831182]
identity=65.9; qcov=1.02; evalue=8.24e-113; confidence=high
RiceOs07g0133700 (OsFKBP19)
-
identity=61.9; qcov=0.996; evalue=2.96e-102; confidence=high
GOGO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009579 (thylakoid)
KEGG-
PfamPF00254 (FKBP_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773909.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057773909.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057773909.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773909.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773909.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18765324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C26,C54
Chr7:18765340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:18765341 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 71 A15,A16,A21,A24,B103,B104,B109,B115,B120,B122,B124,B129,B13,B131,B133,B138,B140,B15,B2,B20,B26,B28,B31,B33,B34,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B45,B49,B59,B60,B67,B68,B70,B76,B77,B78,B84,B9,B99,C14,C15,C18,C24,C3,C34,C35,C39,C40,C42,C44,C47,C49,C5,C52,C56,C63,C64,C66,C71,C73,C81,C82,C87,D10,D3,D7
Chr7:18765596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:18765599 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 164 A10,A11,A13,A15,A16,A21,A22,A24,A4,A5,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B22,B23,B26,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B5,B51,B52,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B65,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B94,B97,B99,C10,C14,C15,C18,C23,C24,C25,C26,C28,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C51,C52,C55,C56,C59,C60,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C7,C70,C71,C73,C79,C8,C81,C82,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D7,D9
Chr7:18765601 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 162 A10,A11,A13,A15,A16,A21,A22,A24,A4,A5,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B17,B18,B2,B20,B22,B23,B26,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B5,B51,B52,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B65,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B94,B97,B99,C10,C14,C15,C18,C23,C24,C25,C26,C28,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C5,C51,C52,C55,C56,C59,C60,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C7,C70,C71,C73,C79,C8,C81,C82,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D7,D9
Chr7:18765636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:18766722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C46,C83
Chr7:18767042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:18767861 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 68 A1,A23,A3,B10,B106,B117,B121,B125,B126,B139,B14,B20,B21,B26,B35,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B5,B52,B57,B58,B74,B75,B78,B80,B82,B86,B91,B93,B95,B98,B99,C12,C15,C17,C18,C2,C20,C21,C27,C30,C33,C37,C39,C4,C41,C46,C47,C55,C63,C65,C72,C74,C75,C76,C77,C83,C84,D10,D11,D3,D5,D6
Chr7:18767868 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 68 A1,A23,A3,B10,B106,B117,B121,B125,B126,B139,B14,B20,B21,B26,B35,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B5,B52,B57,B58,B74,B75,B78,B80,B82,B86,B91,B93,B95,B98,B99,C12,C15,C17,C18,C2,C20,C21,C27,C30,C33,C37,C39,C4,C41,C46,C47,C55,C63,C65,C72,C74,C75,C76,C77,C83,C84,D10,D11,D3,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773909.1
258 aa
N
1
129
258
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 130-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773909.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 130 251 4.6e-10 40.4 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917926.1
TCCCGCGAAACGTTGCCAACTCCACTAGAAATTTCTCTCTGAAAATGATGGCCTCAATATCAGCCATCGGATCGCTTCCTCGGCATTTTCCGGCTAACTCTTCCACCGCATGTCCGCCGCCACCGCCACTCTCGAGCCTGCACATTGTTTGTCGGAGTCTTTCCGAATCATCAAGCTCTTTCGTGGAAGCTTGGAGCGCACAGAGAGGCATCCTGATTGATCGGAGACAGTTGATGATGTCTTCAATGGGACTATTGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993146
ATGATGGCCTCAATATCAGCCATCGGATCGCTTCCTCGGCATTTTCCGGCTAACTCTTCCACCGCATGTCCGCCGCCACCGCCACTCTCGAGCCTGCACATTGTTTGTCGGAGTCTTTCCGAATCATCAAGCTCTTTCGTGGAAGCTTGGAGCGCACAGAGAGGCATCCTGATTGATCGGAGACAGTTGATGATGTCTTCAATGGGACTATTGGCAGCGTCGGCTTTCAGTTATCAAAGTGGTGAAGCTTCCATTGCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773909.1
MMASISAIGSLPRHFPANSSTACPPPPPLSSLHIVCRSLSESSSSFVEAWSAQRGILIDRRQLMMSSMGLLAASAFSYQSGEASIASEFADMPALRGKDYGKTKMKYPDYEETNSGLQYKDLRKGTGPIPKIGEIVVVDWDGFTIGYYGRIFEARNKTKGGSFVGDDKEFYKFRLGSQEVIPAFEEAVSGMALGGIRRXXXLSPPELGYPENDFNKKGPRPTTFSGQRALDFVLRNQGLIDKTLLFDIELLKIIPNRS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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