Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002313`

染色体: Chr07 坐标: 21410538-21417878 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002313`
名称	SmilChr07G002313
描述	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 11, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	21410538 - 21417878 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993391`
GeneID	`130993391`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993391`
原始查询	`LOC130993391`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 11, chloroplastic/mitochondrial
产物	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 11%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT5G53170` (FTSH11) FTSH protease 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835398] identity=81.1; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0574500` (OsFtsH5) - identity=52.4; qcov=0.803; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006508 (proteolysis); GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF01434 (Peptidase_M41); PF07728 (AAA_5); PF17862 (AAA_lid_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993391

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057774246.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057774246.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057774246.1`
4	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057774246.1`
5	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057774246.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:21411623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B120,B30,B84,C50
`Chr7:21413194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C18,C34,C70
`Chr7:21416548`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr7:21417142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C19,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774246.1

791 aa

396

791

AAA_5

AAA

AAA_lid_3

Peptidase_M41

PF07728 AAA_5 381-449 aa PF00004 AAA 381-509 aa PF17862 AAA_lid_3 532-575 aa PF01434 Peptidase_M41 591-766 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774246.1`	Pfam	`PF07728`	AAA_5	Domain	381	449	6.2e-05	23.7	AAA domain (dynein-related subfamily)
`XP_057774246.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	381	509	8e-43	146.7	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
`XP_057774246.1`	Pfam	`PF17862`	AAA_lid_3	Domain	532	575	1.8e-09	37.7	AAA+ lid domain
`XP_057774246.1`	Pfam	`PF01434`	Peptidase_M41	Domain	591	766	4.1e-62	210.2	Peptidase family M41

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918263.1
TGATTAGTTAATAATATGTGCAGAATATATACACGAACTAATATATTCTCTCTATTTAAGCAGGAAATTAAGTAAGAATGGAATTCCTAATAAGGTTTTTTAGTATTTAATCCCGCAAAATATAAGATTGAGGACGCAAATGAAATGAGCACGGATAAGGTTAGGTTCTCTCTCCTTGTTCCGGTACGTATGTAGAAATCCAATCTTGTGGTTGGAAAGAAGAGACGAGTAGACGGCACTCTTTGTTGTGCGTGATTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993391
ATGACAATAACACTTCAGGCTTCTCTCATCTGCAAGCCCTCAATCCCCCAATTAAACCCTCTTCTTCTCTCTCTAAAACCATGTCTCTCCTATCTATCCCCTCAATTTTCCTTTCCTAGAAGATTAAATGGCGGGTCCACCAACTCGTTCCCCTTCAAGTCCAGATTCTTGCGGCATCGTTCTTGCTGCACATTGAATTTTGAAGGTTTAAACTCAGCTAGTGAATCGACTAGTGGTAATTCTTTCAGCGATAACACCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774246.1
MTITLQASLICKPSIPQLNPLLLSLKPCLSYLSPQFSFPRRLNGGSTNSFPFKSRFLRHRSCCTLNFEGLNSASESTSGNSFSDNTEMNELSSGPVLNETSGVGEVEGEAKKNEDVKERLPIMVFLLGVFARLREGFDKFIYSDWFSWWPFWRQEKRLERLIAEADANPKDAAKQSALLAELNKHSPESVIQRFEQRAHAVDSRGVAEYLRALVSTNAIAEYLPDEQSGKPSSLPSLLQELKQRASENDDEPFANPGVSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器