同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002630

染色体: Chr07 坐标: 25373199-25374320 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G002630
名称SmilChr07G002630
描述zinc finger protein 5
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25373199 - 25374320 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993697
GeneID130993697
locus_tag-
NCBI 名称LOC130993697
原始查询LOC130993697

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 5
产物zinc finger protein 5
拟南芥AT5G06650 (GIS2)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830553]
identity=37.78; qcov=0.344; evalue=4.4e-14; confidence=low
水稻Os01g0512700
-
identity=60.78; qcov=0.187; evalue=7.71e-13; confidence=weak
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway); GO:0009740 (gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0010026 (trichome differentiation); GO:0010090 (trichome morphogenesis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993697

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057774706.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25373709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B34,B45
Chr7:25373816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B34,B45,B88
Chr7:25373831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C9
Chr7:25374054 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 63 A15,A2,A24,A25,B1,B100,B104,B105,B114,B115,B119,B120,B122,B123,B125,B131,B136,B138,B31,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B46,B51,B56,B6,B63,B79,B81,B89,B91,B95,B96,B99,C10,C2,C22,C27,C28,C32,C35,C40,C43,C49,C57,C59,C6,C62,C68,C7,C72,C73,C77,C8,C81,C82,C86,D3,D4,D6
Chr7:25374058 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B137
Chr7:25374058 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B137
Chr7:25374109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918723.1
AATTAAAAATAAAAAATCAACTACCGTATAATAAACAATATCTTTGCATCAGACAAATTAATTAACTTCCCTTATCTGACTATTCCTTTTTATCCTTTATATTTTTTGTTGACCTTTCTTTGCTCTTTACAATTCTTAAAACTATTCCTATTTGGGAGATACAATGCATAGTCAAATAACCAATAGCATATTTAGTTGCTATATAAGAAGAGGCGCAACATTATCATTTGAACACACCTTATACAAACCAAGAAAAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057774706.1_37903
ATGCATAGTCAAATAACCAATAGCATATTTAGTTGCTATATAAGAAGAGGCGCAACATTATCATTTGAACACACCTTATACAAACCAAGAAAAAACTCTCCCCTTCTTCAATTCATATATCAATTCAAGATTATGGGCAAAAATAGTGTCTCAGCTTGGTCTCAAGAAAATTCCAATAGTAATAAAAAGCTGAAATTATTCGGAGTGGAGGTGGAGCAATTTGATGATGATGATAATAGCAAGGGCGGGTGGTTGGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774706.1
MHSQITNSIFSCYIRRGATLSFEHTLYKPRKNSPLLQFIYQFKIMGKNSVSAWSQENSNSNKKLKLFGVEVEQFDDDDNSKGGWLEGDDSVNSSGSSTVTDKPEAEDKKFECQYCFKVFANSQALGGHQNAHKKERLRKKRLQLQARKASINCYIQPFYYNNNQNSDRHSLNYYGSNPAWFYDPEFSVYEEQQPQPQPQISFGAGPSSRVGVDHVPFHQDTRAFSLTHKSRPLLINKPSSMPNSNTRKNLDLQLGLSLHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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