当前解析结果
SmilChr07G002447| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002447 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002447 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00860-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 23012237 - 23013514 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993978 |
|---|---|
| GeneID | 130993978 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993978 |
| 原始查询 | LOC130993978 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=43; qcov=0.567; evalue=3.16e-27; confidence=medium |
| Rice | Os12g0142900- identity=37.9; qcov=0.801; evalue=2.06e-36; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993978 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057774999.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057774999.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057774999.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774999.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774999.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:23012249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B47,D11 |
Chr7:23012252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr7:23012280 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B68,C71,C74,C77 |
Chr7:23012281 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A23,A3,B11,B126,B131,B138,B2,B24,B91,C20,C30,C57,C76,D4 |
Chr7:23012283 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 201 | A1,A10,A11,A13,A14,A18,A2,A20,A22,A24,A3,A4,A6,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B32,B33,B34,B35,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C32,C33,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C53,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C69,C7,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7 |
Chr7:23012286 |
G |
GTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 189 | A1,A10,A11,A13,A14,A2,A20,A22,A23,A24,A3,A6,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B32,B33,B34,B35,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B8,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C44,C45,C46,C48,C5,C50,C53,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C69,C7,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D7 |
Chr7:23012292 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A22,A9,B102,B106,B112,B115,B117,B126,B131,B140,B16,B23,B3,B32,B33,B46,B58,B71,B74,B92,B93,B98,C1,C13,C15,C17,C33,C40,C41,C45,C50,C53,C56,C57,C61,C62,C64,C71,C74,C76,C77,D2,D6,D7 |
Chr7:23012295 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 37 | A22,A9,B102,B106,B112,B117,B126,B131,B132,B23,B3,B32,B33,B46,B58,B71,B74,B92,B93,B98,C1,C13,C15,C17,C33,C40,C41,C45,C50,C57,C61,C71,C74,C76,C77,D2,D7 |
Chr7:23012298 |
A |
AAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B140,B16,C53,C56,C62,C64,D2,D6,D7 |
Chr7:23012300 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 173 | A11,A13,A15,A16,A18,A21,A22,A23,A24,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B103,B107,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B137,B138,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B35,B36,B37,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B51,B52,B54,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B75,B76,B77,B78,B80,B82,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C10,C11,C13,C14,C15,C18,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C3,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C48,C5,C51,C52,C56,C57,C6,C60,C62,C64,C66,C68,C69,C73,C74,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C87,C9,D1,D2,D3,D4,D5,D7,D8,D9 |
Chr7:23012303 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | B126,B131,B132,B46,B68,B81,C13,C45,C57,C76 |
Chr7:23012306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,C56 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774999.1PF17919
RT_RNaseH_2 119-200 aa
PF17917
RT_RNaseH 146-200 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774999.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 119 | 200 | 9.1e-27 | 93.8 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057774999.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 146 | 200 | 8e-15 | 55.6 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。