当前解析结果
SmilChr07G004204| 统一基因 ID | SmilChr07G004204 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004204 |
| 描述 | dehydration-responsive element-binding protein 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 54147755 - 54148813 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994944 |
|---|---|
| GeneID | 130994944 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130994944 |
| 原始查询 | LOC130994944 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dehydration-responsive element-binding protein 3-like |
| 产物 | dehydration-responsive element-binding protein 3-like |
| 拟南芥 | AT5G11590 (TINY2)Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831031] identity=58.45; qcov=0.958; evalue=1.43e-61; confidence=high |
| 水稻 | Os01g0200600 (OsERF#039)- identity=76.19; qcov=0.493; evalue=3.41e-45; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994944 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776124.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:54148091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B122,B23 |
Chr7:54148163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr7:54148222 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr7:54148263 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr7:54148270 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B16,B80,C53,D2 |
Chr7:54148290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr7:54148454 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr7:54148491 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,C4 |
Chr7:54148502 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B85 |
Chr7:54148502 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr7:54148505 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776124.1PF00847
AP2 37-87 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776124.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 37 | 87 | 2.3e-15 | 57.3 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。