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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004324

染色体: Chr07 坐标: 55795193-55796118 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004324
名称SmilChr07G004324
描述abscisic acid receptor PYL2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55795193 - 55796118 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994953
GeneID130994953
locus_tag-
NCBI NameLOC130994953
原始查询LOC130994953

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic acid receptor PYL2-like
产物abscisic acid receptor PYL2-like
ArabidopsisAT2G26040 (PYL2)
PYR1-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817145]
identity=67.6; qcov=0.942; evalue=4.18e-90; confidence=high
RiceOs02g0226801 (OsPYL/RCAR2)
-
identity=69.1; qcov=0.937; evalue=2.37e-71; confidence=high
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00407 (Bet_v_1); PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994953

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776147.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057776147.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057776147.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776147.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776147.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55795579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,B95
Chr7:55795737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B131
Chr7:55795807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776147.1
190 aa
N
1
95
190
Polyketide_cyc2
Bet_v_1
C
PF10604 Polyketide_cyc2 46-179 aa PF00407 Bet_v_1 63-137 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776147.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 46 179 7.3e-14 52.9 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
XP_057776147.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 63 137 1.9e-06 28.6 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920164.1
ATTCTCTCCAAATAGTGTAAAAACAAAATATAAAATAAAAAATAAAATTTCCATCAATTTTCAATTCTTTACAATTTATAAACCCTTTATCTCTCAAATCCCTAAAATCTCCCACCATTTTCCCGCTACAATTTCCCCCAAATCAGATCTTCTCTTCTCCACAATTTCTCGAAATCGAAATTAATCATGGACGACGCACCACCGCTGCCGCCGATGCCTAGCGGCGTGACGGCGGAGGAATACGCGCAGCTGGAGCCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994953
ATGGACGACGCACCACCGCTGCCGCCGATGCCTAGCGGCGTGACGGCGGAGGAATACGCGCAGCTGGAGCCGGCGATCCGCGCCCACCACACGTTCGACGCAATGCCCCACACATGCACGTCGCTGATCGCGCAGCGCATCGACGCGCCGGCGGCGGCGGTGTGGCCGCTCGTGCGCCGCTTCAACGCCCCGCAGCGGTACAAGCACTTCATCAAGAGCTGCCGCCTCGTCGCCGGCGACGGCGGCGTCGGCAGCGTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776147.1
MDDAPPLPPMPSGVTAEEYAQLEPAIRAHHTFDAMPHTCTSLIAQRIDAPAAAVWPLVRRFNAPQRYKHFIKSCRLVAGDGGVGSVREVAVVSGIPASASTERLEILDDRNRVLSFRVVGGDHRLNNYRSVTSVNEFSDGARVYTIVLESYIVDIPAGNTREDARMFTDTVVKLNLQRLGVVAVANLHAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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