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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001692`

染色体: Chr07 坐标: 14335025-14338595 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001692`
名称	SmilChr07G001692
描述	probable polygalacturonase
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14335025 - 14338595 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995390`
GeneID	`130995390`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995390`
原始查询	`LOC130995390`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable polygalacturonase
产物	probable polygalacturonase
Arabidopsis	`AT3G16850` (AT3G16850) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820938] identity=59.7; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0658800` (OsPGL34) - identity=57.2; qcov=0.863; evalue=7.08e-176; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057776642.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057776642.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776642.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776642.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776642.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14336164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr7:14336198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr7:14336204`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	28	A2,A21,A7,B110,B132,B135,B34,B38,B47,B56,B57,B66,B80,B81,B9,B96,B99,C2,C22,C41,C42,C47,C53,C56,C59,C60,C76,D7
`Chr7:14336233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,C38,C39,C86
`Chr7:14336252`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B17,B75,C4,C42
`Chr7:14336252`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B17,B75,C4,C42
`Chr7:14336387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B46,C32,C68,C8
`Chr7:14336414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:14337919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:14338101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B132
`Chr7:14338122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:14338182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776642.1

482 aa

241

482

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 67-113 aa PF00295 Glyco_hydro_28 162-443 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776642.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	67	113	3.9e-10	40.6	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057776642.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	162	443	1.3e-35	123.8	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920659.1
TAGGGAGTGATTAAGGTTCCCTAATTGTGCAATTAAAGTGATAATACTGTTACCCGCATGCCACTTTCCACATTTATTTACCTCGAGTAATGAAAATTCCTTTTTCTTTTCATAAAGATTTTTTGTTTTTGATTTTCTTTTTTCTTTTTTAAACCACACACATACAATTTGTGTAGACGAAGAGCTGTCATTTTCTTCTTCCTTGTTATACCTTTCACTTACCATCCGTTCATTTTTTATTTTTTCTTTTATTTTTCATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995390
ATGTACAAATTTCTCCTTCATCTCTACTCATCTCCATCGCTTATTTCTCTTCCTTTTAATGTACAAGATTTTTGGCGTTGTGAAAACAGAGATATGAAGAGGCTAGGGTTTTTGCTTTTGCTCGTTGTATTGAGCAATGCCGCTGAGTATGATGGGGAATGCAAGTCGGATTGGCCGCTGGTCCCAAGGCCTCACAGTGTATCCGTCTTAGAATTTGGGGCAGTCGGAGATGGGATCACAAGCAACACTGTGGCATTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776642.1
MYKFLLHLYSSPSLISLPFNVQDFWRCENRDMKRLGFLLLLVVLSNAAEYDGECKSDWPLVPRPHSVSVLEFGAVGDGITSNTVAFQNAIFYLKSFADKGGAQLFVPAGKWLIGCINLTSHLTLFLEKDAVILGSQDYSHWDVVEPLPSYGQGLEVPGQRYRSLISGQNLTDVVITGNNGTIDGQGSVWWEKINSHSLNYSRPHLVELIGSDSIVVSNLTFLNAPFWNIHPVYCSDVLVQNITIYSPPDSPYTSGIVPDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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