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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002925

染色体: Chr07 坐标: 29625025-29627334 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002925
名称SmilChr07G002925
描述folate synthesis bifunctional protein, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29625025 - 29627334 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995945
GeneID130995945
locus_tag-
NCBI NameLOC130995945
原始查询LOC130995945

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folate synthesis bifunctional protein, mitochondrial
产物folate synthesis bifunctional protein%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G30000 (AT4G30000)
Dihydropterin pyrophosphokinase / Dihydropteroate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829123]
identity=69.6; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0618500 (B1056G08.147-1)
-
identity=61.4; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003848 (2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity); GO:0004156 (dihydropteroate synthase activity); GO:0046654 (tetrahydrofolate biosynthetic process)
KEGGsmil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00809 (Pterin_bind); PF01288 (HPPK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995945

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777448.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057777448.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777448.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777448.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777448.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29626104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:29626153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:29626264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:29626335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:29626693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:29626715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777448.1
506 aa
N
1
253
506
HPPK
Pterin_bind
C
PF01288 HPPK 44-169 aa PF00809 Pterin_bind 230-485 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777448.1 Pfam PF01288 HPPK Domain 44 169 3.3e-36 124.9 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK)
XP_057777448.1 Pfam PF00809 Pterin_bind Domain 230 485 2.7e-81 273.5 Pterin binding enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921465.1
TTTCAAGATTGCTGTTTTATACATTGTTAAAATCGTACTTCAACTTCGTAAACCAGAGATTCCAAATCTTTAGGGAGTTAAAATTATTTGCACAATTTCAGGTAGATTAGCTAAATTAATGGAAAATACAACATTGGGACCTCGCTGAATAGAGCATTTCTTGGGATGAATATTATCAAACAGGTGGTGGCCGTCAAATACGGTGGGAGAGCTGCTAAGACTTCATTTGAAGCAGCAAGATTGCGCCTATTTCATGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995945
ATGAATATTATCAAACAGGTGGTGGCCGTCAAATACGGTGGGAGAGCTGCTAAGACTTCATTTGAAGCAGCAAGATTGCGCCTATTTCATGATGCTCCGGTGGAAGTGAACTCCGAGGAGCAGGAAGTTGTGATTGCCCTAGGAAGCAATGTGGGCGACAGGCTCCATAATTTTGAGGAGGCGTTGCAGCGGATGAAGAAATCAGACATCCAGATCACACGACATGGCTGCTTGTACGAGACTGAACCTGCCTATGTAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777448.1
MNIIKQVVAVKYGGRAAKTSFEAARLRLFHDAPVEVNSEEQEVVIALGSNVGDRLHNFEEALQRMKKSDIQITRHGCLYETEPAYVTDQPRFLNSAVRATTKLGPHKLLATLKEIERDLGRTAAIRYGPRPIDLDILFYGSRTVNTDTLTIPHERIWERPFVMAPLIDLLGVQPDNETVKSWHTLSRRSGGLFEAWEELGGESLVGKDGMERVLPVGNRLWSWSANTSVMGVLNVTPDSFSDGGKFLSLESAVSRVRSML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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