当前解析结果
SmilChr07G002999| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002999 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002999 |
| 描述 | DAR GTPase 2, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 30718125 - 30724657 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995953 |
|---|---|
| GeneID | 130995953 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995953 |
| 原始查询 | LOC130995953 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DAR GTPase 2, mitochondrial-like |
| 产物 | DAR GTPase 2%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT4G10650 (AT4G10650)P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826658] identity=57.8; qcov=0.934; evalue=1.03e-139; confidence=high |
| Rice | Os10g0572000- identity=50.6; qcov=0.937; evalue=2.69e-114; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005739 (mitochondrion) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01926 (MMR_HSR1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995953 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057777459.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.80000 | XP_057777459.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777459.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777459.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777459.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:30722553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr7:30723154 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,C71,C73 |
Chr7:30723376 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B110,B30,C77 |
Chr7:30723747 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,B86 |
Chr7:30723785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr7:30724189 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr7:30724220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B50,B57,C23,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777459.1PF01926
MMR_HSR1 140-207 aa
XP_057777461.1PF01926
MMR_HSR1 140-207 aa
XP_057777462.1PF01926
MMR_HSR1 140-207 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777459.1 |
Pfam | PF01926 |
MMR_HSR1 | Family | 140 | 207 | 1.3e-08 | 35.7 | 50S ribosome-binding GTPase |
XP_057777461.1 |
Pfam | PF01926 |
MMR_HSR1 | Family | 140 | 207 | 1.3e-08 | 35.7 | 50S ribosome-binding GTPase |
XP_057777462.1 |
Pfam | PF01926 |
MMR_HSR1 | Family | 140 | 207 | 1.3e-08 | 35.7 | 50S ribosome-binding GTPase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。