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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003399`

染色体: Chr07 坐标: 36889888-36894654 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003399`
名称	SmilChr07G003399
描述	lipoyl synthase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	36889888 - 36894654 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996290`
GeneID	`130996290`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996290`
原始查询	`LOC130996290`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lipoyl synthase 1, chloroplastic
产物	lipoyl synthase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G08415` (AT5G08415) Radical SAM superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830740] identity=83.1; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0511500` (LIP1P-2) - identity=70.8; qcov=0.949; evalue=1.22e-175; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0009107 (lipoate biosynthetic process); GO:0009507 (chloroplast); GO:0016992 (lipoate synthase activity); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding)
KEGG	smil00785 (Lipoic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04055 (Radical_SAM); PF16881 (LIAS_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057777779.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057777779.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057777779.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777779.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777779.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:36890377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:36893684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr7:36894219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:36894254`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	58	A18,A22,A5,B106,B110,B113,B115,B117,B129,B137,B14,B16,B2,B21,B36,B40,B47,B49,B56,B58,B60,B61,B64,B66,B69,B71,B74,B76,B8,B95,B96,C19,C23,C24,C26,C32,C38,C4,C41,C43,C52,C58,C59,C62,C68,C72,C73,C74,C78,C81,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777779.1

365 aa

182

365

LIAS_N

Radical_SAM

PF16881 LIAS_N 53-91 aa PF04055 Radical_SAM 113-275 aa

XP_057777780.1

354 aa

177

354

LIAS_N

Radical_SAM

PF16881 LIAS_N 53-91 aa PF04055 Radical_SAM 113-275 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777779.1`	Pfam	`PF16881`	LIAS_N	Family	53	91	1.6e-08	35.7	N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family
`XP_057777779.1`	Pfam	`PF04055`	Radical_SAM	Domain	113	275	2.6e-24	87.0	Radical SAM superfamily
`XP_057777780.1`	Pfam	`PF16881`	LIAS_N	Family	53	91	1.4e-08	35.8	N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family
`XP_057777780.1`	Pfam	`PF04055`	Radical_SAM	Domain	113	275	2.4e-24	87.1	Radical SAM superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921796.1
CTACAAGAACTATTATAATCTAGCATATTACAAGTCGGAAAGTCCAAGTCACAGCAGCGGCAGTTTAACCACACGGCGGAGACTCCAATGCCGTAAGCACACATCATCATCTTCGTCGATTCCTCCGCCGCATTTCTAAATTAATCTAATCCATCACGCATTCCTTCTCAATCTCTAATCACAATGATTCACCAATGCATTTCCAAGGCGCCTCCGCCTCCCTTACCAGCCTTCAGACCCAAAACCCTCATCCGCTGTGA...

XM_057921797.1
ACAAGAACTATTATAATCTAGCATATTACAAGTCGGAAAGTCCAAGTCACAGCAGCGGCAGTTTAACCACACGGCGGAGACTCCAATGCCGTAAGCACACATCATCATCTTCGTCGATTCCTCCGCCGCATTTCTAAATTAATCTAATCCATCACGCATTCCTTCTCAATCTCTAATCACAATGATTCACCAATGCATTTCCAAGGCGCCTCCGCCTCCCTTACCAGCCTTCAGACCCAAAACCCTCATCCGCTGTGAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996290
ATGATTCACCAATGCATTTCCAAGGCGCCTCCGCCTCCCTTACCAGCCTTCAGACCCAAAACCCTCATCCGCTGTGAATTGGAGCAGAAAGCGCCGCCACTCGCCGATCGCCCGTCTTACCCTGGCGGGATGGGCCCTTACACGGGCCGGAACCCGAATGTGAAGAAGCCCGGGTGGCTAAGGCAGAAGGCGCCGCAGGGGGACAAGTACGACGGTGTCAAGGAATCGCTGTCGAGGCTCAAGCTCAACACTGTCTGTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777779.1
MIHQCISKAPPPPLPAFRPKTLIRCELEQKAPPLADRPSYPGGMGPYTGRNPNVKKPGWLRQKAPQGDKYDGVKESLSRLKLNTVCEEAQCPNIGECWNGGSDGISTATIMLLGDTCTRGCRFCAVKTSRNPPPPDPMEPYNTAKAIASWGVDYIVLTSVDRDDIPDGGSGHFAETVKAMKALNPEIMVECLTSDFRGDLEAVSTLVHSGLDVFAHNVETVKRLQRIVRDPRAGYEQSLSVLKHAKLDKEGMITKSSIML...

XP_057777780.1
MIHQCISKAPPPPLPAFRPKTLIRCELEQKAPPLADRPSYPGGMGPYTGRNPNVKKPGWLRQKAPQGDKYDGVKESLSRLKLNTVCEEAQCPNIGECWNGGSDGISTATIMLLGDTCTRGCRFCAVKTSRNPPPPDPMEPYNTAKAIASWGVDYIVLTSVDRDDIPDGGSGHFAETVKAMKALNPEIMVECLTSDFRGDLEAVSTLVHSGLDVFAHNVETVKRLQRIVRDPRAGYEQSLSVLKHAKLDKEGMITKSSIML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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