Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003427`

染色体: Chr08 坐标: 36524327-36532111 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003427`
名称	SmilChr08G003427
描述	double-strand break repair protein MRE11
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	36524327 - 36532111 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996563`
GeneID	`130996563`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996563`
原始查询	`LOC130996563`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	double-strand break repair protein MRE11
产物	double-strand break repair protein MRE11
Arabidopsis	`AT5G54260` (MRE11) DNA repair and meiosis protein (Mre11) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835514] identity=76.03; qcov=0.995; evalue=0.0; confidence=high
Rice	`Os04g0635900` (MRE11) - identity=68.28; qcov=0.99; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0004520 (DNA endonuclease activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006303 (double-strand break repair via nonhomologous end joining); GO:0007095 (mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling); GO:0008296 (3'-5'-DNA exonuclease activity); GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0030870 (Mre11 complex); GO:0042138 (meiotic DNA double-strand break formation); GO:0097552 (mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination)
KEGG	smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03450 (Non-homologous end-joining - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00149 (Metallophos); PF04152 (Mre11_DNA_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996563

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

特征证据限制：抽查两个保留的历史缓存共 206 行，PROFEAT 特征全部为零；第二块缓存为 106 行，比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实，不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测，也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选，特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777829.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057777829.1`
3	Nuclear body	核内小体	1.00000	`XP_057777829.1`
4	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057777829.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057777829.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:36525074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,A9,B126,C2,C64
`Chr8:36526145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B69,B73
`Chr8:36526205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B69,B73
`Chr8:36528667`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B2,B56,B96,D4
`Chr8:36528673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:36529095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B102
`Chr8:36529412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777829.1

728 aa

364

728

Metallophos

Mre11_DNA_bind

PF00149 Metallophos 13-257 aa PF04152 Mre11_DNA_bind 303-455 aa

XP_057777830.1

703 aa

352

703

Metallophos

Mre11_DNA_bind

PF00149 Metallophos 9-232 aa PF04152 Mre11_DNA_bind 278-430 aa

XP_057777831.1

598 aa

299

598

Mre11_DNA_bind

PF04152 Mre11_DNA_bind 173-325 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777829.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	13	257	2.8e-16	61.2	Calcineurin-like phosphoesterase
`XP_057777829.1`	Pfam	`PF04152`	Mre11_DNA_bind	Domain	303	455	1.2e-36	127.2	Mre11 DNA-binding presumed domain
`XP_057777830.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	9	232	2.6e-13	51.6	Calcineurin-like phosphoesterase
`XP_057777830.1`	Pfam	`PF04152`	Mre11_DNA_bind	Domain	278	430	1.1e-36	127.3	Mre11 DNA-binding presumed domain
`XP_057777831.1`	Pfam	`PF04152`	Mre11_DNA_bind	Domain	173	325	2e-36	126.5	Mre11 DNA-binding presumed domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921846.1
TTTCAATATCTATTCTTGCCTGTATGTTTAAAAATTACGCGCCACCACTGACCAACATACTCCATATCACTCGCAGCTCCGCCGTCGGTGTCGCCCCCGCCGCCACTTCACTTCTCCCATCAAATTAACTGTCATTGAATAGTCTAGTCCGTCTTCACATAATCGGTGGACTCTCACAAGTACCAAATGGCTGAATCTTCGAGGGAAGATAATAGTAATTTGCTTCGGGTATTAGTGGCTACGGATTGCCATCTTGGTTA...

XM_057921847.1
TCTATTCTTGCCTGTATGTTTAAAAATTACGCGCCACCACTGACCAACATACTCCATATCACTCGCAGCTCCGCCGTCGGTGTCGCCCCCGCCGCCACTTCACTTCTCCCATCAAATTAACTGTCATTGAATAGTCTAGTCCGTCTTCACATAATCGGTGGACTCTCACAAGTACCAAATGGCTGAATCTTCGAGTGGCTACGGATTGCCATCTTGGTTACATGGAGAAGGATGAAATTCGCCGGCATGATTCCTTTCAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057777829.1_44670
ATGGCTGAATCTTCGAGGGAAGATAATAGTAATTTGCTTCGGGTATTAGTGGCTACGGATTGCCATCTTGGTTACATGGAGAAGGATGAAATTCGCCGGCATGATTCCTTTCAGGCATTTGACGAGATTTGCTCAATTGCTGCACAAAAGCAGGTGGATTTCATACTTCTAGCTGGTGATCTATTTCATGAGAATAAGCCTTCAAGGTCAACCTTAGTCAAAGCCATTGAAATTCTCCGTCGTCACTGCCTCAGCGATAA...

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057777830.1_44671
ATGGAGAAGGATGAAATTCGCCGGCATGATTCCTTTCAGGCATTTGACGAGATTTGCTCAATTGCTGCACAAAAGCAGGTGGATTTCATACTTCTAGCTGGTGATCTATTTCATGAGAATAAGCCTTCAAGGTCAACCTTAGTCAAAGCCATTGAAATTCTCCGTCGTCACTGCCTCAGCGATAAGCCAGTGCAGTTCCAAGTTGTCAGCGACCAGACAGTGAACTTTGCCAACTGCTTTGGCCATGTAAATTATGAAGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057777829.1
MAESSREDNSNLLRVLVATDCHLGYMEKDEIRRHDSFQAFDEICSIAAQKQVDFILLAGDLFHENKPSRSTLVKAIEILRRHCLSDKPVQFQVVSDQTVNFANCFGHVNYEDPHFNVGLPVFSIHGNHDDPAGVDNLSAVDILSACNLVNYFGKMVLEGSGVGQITLYPILIKKGSTSVALYGLGNIRDERLNRMFQTPHAVQWMRPESQEACQVSDWFNILTLHQNRVKTNPKNAINEHFLPRFLDFVVWGHEHECLVD...

XP_057777830.1
MEKDEIRRHDSFQAFDEICSIAAQKQVDFILLAGDLFHENKPSRSTLVKAIEILRRHCLSDKPVQFQVVSDQTVNFANCFGHVNYEDPHFNVGLPVFSIHGNHDDPAGVDNLSAVDILSACNLVNYFGKMVLEGSGVGQITLYPILIKKGSTSVALYGLGNIRDERLNRMFQTPHAVQWMRPESQEACQVSDWFNILTLHQNRVKTNPKNAINEHFLPRFLDFVVWGHEHECLVDPQEVPGMGFHITQPGSSVATSLIDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器