Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003456`

染色体: Chr08 坐标: 37047909-37054293 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003456`
名称	SmilChr08G003456
描述	dnaJ protein ERDJ2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	37047909 - 37054293 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996585`
GeneID	`130996585`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996585`
原始查询	`LOC130996585`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dnaJ protein ERDJ2-like
产物	dnaJ protein ERDJ2-like
Arabidopsis	`AT1G79940` (ATERDJ2A) DnaJ / Sec63 Brl domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844334] identity=73.3; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0307200` (OsDjC43) - identity=71.3; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0006614 (SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane); GO:0006620 (post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0031207 (Sec62/Sec63 complex)
KEGG	smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00226 (DnaJ); PF02889 (Sec63)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057777862.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057777862.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777862.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777862.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777862.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:37050629`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C47
`Chr8:37050629`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C47
`Chr8:37050816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B32
`Chr8:37050826`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B23,B53,B78,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777862.1

685 aa

342

685

DnaJ

Sec63

PF00226 DnaJ 100-160 aa PF02889 Sec63 222-602 aa

XP_057777863.1

685 aa

342

685

DnaJ

Sec63

PF00226 DnaJ 100-160 aa PF02889 Sec63 222-602 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777862.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	100	160	7.3e-18	65.1	DnaJ domain
`XP_057777862.1`	Pfam	`PF02889`	Sec63	Family	222	602	1.5e-22	80.8	Sec63 Brl domain
`XP_057777863.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	100	160	7.3e-18	65.1	DnaJ domain
`XP_057777863.1`	Pfam	`PF02889`	Sec63	Family	222	602	1.5e-22	80.8	Sec63 Brl domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921879.1
ATTGACAATTTTAACAACTTCGTCATCTCCGCTGAATTGTGCTTCGTTCAAATTGATACTCTCACGTCTTTGAGAATTGAACGCATTTGTTGCCGAAAAATCAAGAGACAAATAATTTGGGGTCACTGAAAATTATCCTATTTGATCGGCGTACCAATTATGGAAATCATGTTCGAGCCCCTCGATCGAGCTCCGCTGGGATGCTCTTAGATGATCCTCTGAGAAAAAGGAAAAGAAAAATAAAAAGAAAGAATGTTTAG...

XM_057921880.1
TAGTTTAGTTAAACGAACAGCACACACAATCGCCATTGAGGCCCATTATCGAACGGGCCGAAATGTGCATCTGAATTGAAAGATGGGCCACCACGTGCTTGCTTCGAGTCCAAACCTCTTCTCAAACGATGAAACTTTACATTAACGCGTACGGCAAATCCAGGAAACACAGCATCTCCACATCAGTTTCATCATCTTCCACAACGCATCAAAAAATCTAGGGCTGATTCTACAGCGCCACTTCTGCTTCCACAGCTTCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996585
ATGGCTGCGGCTGAAGAGAACAGTGCGCTGTTCCCCATTTTTGTGTTGACGATGATTGCACTGCCTCTAGTGCCTTATACTTTTGTCAACTTATACCTCACATTCAGAAAAAAGAGCCAGAATATTAATTGCCGTTGTTCAGCTTGCTTCCGCTCCGGGAAGTATCGAAAATCCATATTTAGACGCATTTCAAACTTTTCGACTTACAGCAACCTTACGGTTTTGTTACTCTGGGTGGTGGTGGTTCTTTTGAGTTTCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777862.1
MAAAEENSALFPIFVLTMIALPLVPYTFVNLYLTFRKKSQNINCRCSACFRSGKYRKSIFRRISNFSTYSNLTVLLLWVVVVLLSFYIKHINTEIQIFEPFSILGLEPGVSEPEIKKAYRKLSILYHPDKNPDPEAHKYFIDYISKAYQALTDPISRENFEKYGHPDGRQGLQMGIALPQFLLNIDGASGGILLLGIVGVCIILPLTIAVIYLSRSSKYTGNYVMHHTMYAYYHYMKPSLAPSKVMEVFIRAAEYMEIPV...

XP_057777863.1
MAAAEENSALFPIFVLTMIALPLVPYTFVNLYLTFRKKSQNINCRCSACFRSGKYRKSIFRRISNFSTYSNLTVLLLWVVVVLLSFYIKHINTEIQIFEPFSILGLEPGVSEPEIKKAYRKLSILYHPDKNPDPEAHKYFIDYISKAYQALTDPISRENFEKYGHPDGRQGLQMGIALPQFLLNIDGASGGILLLGIVGVCIILPLTIAVIYLSRSSKYTGNYVMHHTMYAYYHYMKPSLAPSKVMEVFIRAAEYMEIPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器