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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003469

染色体: Chr08 坐标: 37317360-37321441 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003469
名称SmilChr08G003469
描述digalactosyldiacylglycerol synthase 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37317360 - 37321441 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996593
GeneID130996593
locus_tag-
NCBI NameLOC130996593
原始查询LOC130996593

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述digalactosyldiacylglycerol synthase 2, chloroplastic
产物digalactosyldiacylglycerol synthase 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G00550 (DGD2)
digalactosyl diacylglycerol deficient 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827960]
identity=66.7; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0214400
-
identity=63.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009707 (chloroplast outer membrane); GO:0019375 (galactolipid biosynthetic process); GO:0046481 (digalactosyldiacylglycerol synthase activity)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00534 (Glycos_transf_1); PF13692 (Glyco_trans_1_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057777871.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057777871.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057777871.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777871.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777871.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37318983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr8:37319094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:37319888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B129,B29,B50,C29
Chr8:37320083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B69,B73,D2
Chr8:37320177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:37321040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777871.1
462 aa
N
1
231
462
Glycos_transf_1
Glyco_trans_1_4
C
PF00534 Glycos_transf_1 219-334 aa PF13692 Glyco_trans_1_4 232-363 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777871.1 Pfam PF00534 Glycos_transf_1 Domain 219 334 6e-12 46.1 Glycosyl transferases group 1
XP_057777871.1 Pfam PF13692 Glyco_trans_1_4 Domain 232 363 7.4e-11 43.2 Glycosyl transferases group 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921888.1
GAATATTCGTCTTTATCAACCCAACTGAGCAATCACGCGCTCCGTACTTCCTCAAATTTAACAACTGTCACCACGCGCCTCCGAGCGTGCAACTATTTCCATTCCTTACAAAAAAATTTAACGCAACCATCTTTCGAATGTTCCCCTAATTTCCAGCTCACCTAGCTCAAAATCCAAATATTTAACCTAATTGTGTTTTTCTTGATTTAATTATTTAACTGCTGGTTTTCCTTGTTCAAAAGGTAGCAGAATCGATAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996593
ATGGATAAGAAACAACATATTGCAATATTTACTACGGCAAGCCTTCCATGGCTTACCGGGACTTCTGTCAACCCTCTGTTTCGTGCAGCGTATCTTGCAAAAGATGATCAGAGGAAAGTTACTTTGGTGATCCCTTGGTTGAAATTGGAGGACCAAAAACATGTGTATACCAACAAGATCACATTTGATTCAGCATCAGAACAAGAAACTTATGTGCGTCAGTGGCTTGAAGAAAGGACTGGATTCAGCTCAAGTTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777871.1
MDKKQHIAIFTTASLPWLTGTSVNPLFRAAYLAKDDQRKVTLVIPWLKLEDQKHVYTNKITFDSASEQETYVRQWLEERTGFSSSFTIRFYPGRFSIHKRSIIALGDITEVIPDEEADVAVLEEPEHLTWYHHGKRWKLKFRLVVGVVHTNYLEYVKREKNGQFQAFLLKYMNSWVVNIYCHQVIRLSAATQELPRSVICNVHGVNPKFLEIGMKKREQQQNETQPFTKGAYYIGKMVWHKGYKELLKLLSDNQKELTGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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