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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003847`

染色体: Chr01 坐标: 56777499-56780088 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003847`
名称	SmilChr01G003847
描述	protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56777499 - 56780088 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996784`
GeneID	`130996784`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996784`
原始查询	`LOC130996784`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic
产物	protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G09315` (AT5G09315) vacuolar sorting protein 9 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28721089] identity=36; qcov=0.879; evalue=1.24e-35; confidence=medium
Rice	`Os07g0549200` (P0534A03.122) - identity=37.6; qcov=0.675; evalue=5.84e-33; confidence=medium
GO	GO:0000373 (Group II intron splicing); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009658 (chloroplast organization)
KEGG	smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057778074.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057778074.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778074.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778074.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56777784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:56777891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:56778470`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B91,C57
`Chr1:56778530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778074.1

240 aa

120

240

PPR_long

PPR

PPR_3

PPR_1

PPR

PPR_2

PF17177 PPR_long 93-203 aa PF01535 PPR 120-148 aa PF13812 PPR_3 139-194 aa PF12854 PPR_1 147-179 aa PF01535 PPR 154-182 aa PF13041 PPR_2 154-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778074.1`	Pfam	`PF17177`	PPR_long	Repeat	93	203	2.9e-07	30.8	Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
`XP_057778074.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	120	148	7.7e-08	32.8	PPR repeat
`XP_057778074.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	139	194	4.3e-09	37.0	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057778074.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	147	179	2e-08	34.5	PPR repeat
`XP_057778074.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	154	182	7.7e-08	32.8	PPR repeat
`XP_057778074.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	154	197	1e-17	64.6	PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922091.1
AAAAGTAAAACGGCGTCGTTTTGGAGCACAGCATAGTTGGTGTGGTGATGGTGGTGTGTAGTTTCTCCCCTGCAGAGGATCTTCTTCATTGTAGTCAATATTGTAGAATCAAAACACCCCTTAAAAAAAACGGCAGATAAAAGCCACAGAACAATTGTGTTCTGACTAGAAAATCCCCAAATTGACTTCTTCTGCCCTAGTTCACTCAATTCTCCAATTCAGGGTCGAGGTCTCCCTGAAGAAGTAATAATGTGCAGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996784
ATGTGCAGCTTCAAACTCCAGTTTTCTCAACTCTGCCTTCAACAGAAGCCTCAGATTCCGACCTTTGTTCACTCACTGAGAATTACTTGCGGAGGTCTTAGAAATGGCCCCAGAAAACCTATGTGGAGGACGCGAGTGCTCTCCTCTGAAGCCATTCAAGCAGTTCAGTCCTTGAAATTGGCACAAAAATCGCCTTCTAAATTGGAGCAGGTTTTCACCACCAAGCTCAGCAGGCTTTTGAAGGCCGATTTAGAGGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778074.1
MCSFKLQFSQLCLQQKPQIPTFVHSLRITCGGLRNGPRKPMWRTRVLSSEAIQAVQSLKLAQKSPSKLEQVFTTKLSRLLKADLEDTLAELQRQNELDLALKVFNFVRKETWYVPDLSLFNDMILMMGKRKMIEMVEQLFLELRNEGLQPDARTYTELIGAYFKVGMVSKAMETYELMKASGYVPDKLTLTILIRNLEKAGENSLSEAIRKECAEYFDYPNKFLEEVERQYPKRKKLVII

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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